VQGPQ tọa lạc trên địa bàn hành chính 6 xã, gồm: Cửa Dương, Bãi Thơm, Gành Dầu, Hàm Ninh, Cửa Cạn và một phần của xã Dương Tơ của huyện đảo Phú Quốc (Kiên Giang). Vườn được phân chia thành 03 phân khu chức năng: Bảo vệ nghiêm ngặt (8.129,8 ha), Phục hồi sinh thái (20.722,4 ha), và Hành chính - dịch vụ (568,4 ha).
Do vậy, bên cạnh việc nghiêm cấm người lạ mặt, không có trách nhiệm, vẫn còn một số diện tích được dùng vào việc phục vụ du lịch... VQGPQ có hệ động vật rất phong phú với 30 loài thú, 200 loài chim, 50 loài bò sát... Đặc biệt là hệ thực vật ở đây vô cùng độc đáo.
Chỉ với 3 hệ sinh thái đặc trưng: Ngập mặn, Tràm úng phèn và thường xanh rụng lá cây họ dầu, nhưng với địa hình đồi núi giữa biển nên VQGPQ có đến 9 sinh cảnh (Rừng thứ sinh ven biển; rừng Tràm; Truông Nhum; rừng thưa cây họ Dầu; rừng khô hạn núi đá; rừng thường xanh cây họ Dầu; rừng cây bụi Sim Mua, trảng Tranh; rừng ngập mặn và tràm thưa Tràm bụi trên đất cát).
Chỉ riêng với sự độc đáo này đã tạo sức hút mạnh đối với tất cả du khách đặt chân lên Đảo Ngọc. Đặc biệt hơn, nhờ được bảo vệ tốt nên VQGPQ còn lưu giữ được rất nhiều cây cổ thụ. Những cụ cây này không chỉ tạo ra độ che phủ cho rừng mà còn tạo ra những “địa đạo xanh”.
Điều này đã tạo ra sức hút đặc biệt cho du khách trong và ngoài nước đến Phú Quốc nghỉ dưỡng dịp lễ...để vừa đắm mình dưới chiếc mày điều hòa thiên nhiên, vừa tĩnh tâm qua tiếng nhạc rừng lao xao của tiếng lá non gọi gió hòa quyện cùng tiếng chim ca, vượn hú...
