Năm 2002, Bộ Văn hoá Thể thao và Du lịch (Bộ Văn hóa Thông tin cũ) đã tiến hành phê duyệt dự án trùng tu nhóm tháp F tại Mỹ Sơn. Một nhóm chuyên gia khảo cổ trùng tu Việt Nam bắt tay vào tiến hành.
Hiện trạng lúc này, nhóm tháp F bị đất đá trùm kín do những trận bom rải thảm năm 1969. Và F1 là ngôi tháp được chọn để trùng tu, khảo cổ.
Do thiếu hiểu biết, cùng với sự nóng vội, nhóm chuyên gia trùng tu dùng các phương tiện cơ khí đào bới, bóc tách lớp che phủ. Ngay sau toàn bộ đất đá trùm bên trên được giỡ ra, lớp gạch thân tháp F1 bong theo, rơi vương vãi xuống dưới.
Đoàn công tác trùng tu vội vã dùng cây chống giữ thân tháp và dừng ngay dự án. Một mái che mưa nắng bằng tôn được dựng lên và vòng thép niềng chung quanh để níu giữ.
Theo khảo sát thực trạng hiện nay của cơ quan bảo tồn bảo tàng Quảng Nam, do bị che chắn trong thời gian dài, tháp thiếu độ ẩm, cùng sức nóng từ mái tôn, đã làm gạch nhanh chóng bị đổi sang màu trắng; tơi bở, rời ra khỏi thân tháp với tốc độ đáng lo ngại.
Việc tu bổ trước đây khiến cho tháp bị xuống cấp với tốc độ nhanh. Theo đánh giá, sau ngày bóc dỡ lớp đất đá bên ngoài, mức độ hư hại lớn gấp nhiều lần so với niên đại trăm năm trước đó, khi chưa bị khai quật, và dự báo sự hủy hoại toàn diện sẽ đến trong một ngày không xa...
17 năm sau khi bị "trùng tu", tháp F1 vẫn trơ gan chờ giải cứu. Ông Hồ Xuân Tịnh, một chuyên gia am hiểu về văn hóa Chămpa cho biết: “ Những năm qua, nhiều đoàn chuyên gia trong và ngoài nước đã đến khảo sát, nhưng đến nay vẫn chưa tìm ra giải pháp nào để cứu tháp F1”.
Hiện nhiều ngôi tháp Chăm trong khu vực Di sản Văn hóa thế giới Mỹ Sơn vẫn tiềm ẩn nguy cơ bị hủy hoại. Tuy vậy đối với việc trùng tu tháp Chăm, cho đến nay, cả hai dự án trùng tu lớn tại nhóm tháp G của các chuyên gia Đại học Milan (Ý) và tháp E7 của Viện Bảo tồn di tích tại Mỹ Sơn cũng chỉ dè dặt "mang tính thử nghiệm".
