Chùa Vạn Phật được xây dựng vào năm 1959 bởi hai vị hòa thượng là Đức Bổn và Diệu Hoa, với mục đích làm nơi tu học, lễ bái cho các tăng ni, phật tử người Hoa ở thành phố và các tỉnh lân cận.
Sở dĩ được đặt tên là chùa Vạn Phật bởi chỉ trọng diện tích 200m2 chùa có tới hơn 10 ngàn tượng Phật với kích thước và chủng loại vô cùng phong phú, tất cả tạo nên không gian linh thiêng. Do vậy, chùa là địa điểm sinh hoạt văn hóa tâm linh quen thuộc của nhiều cư dân quận 5, nhất là cộng đồng người Hoa tại Việt Nam.
Không gian và kiến trúc tại mỗi tầng trong chùa đều mang đậm nét văn hoá của người Hoa: cổng vòm, những án thơ dán giấy đỏ...
Thông thường, đa phần chùa nhiều vùng đều xin xăm truyền thống là xóc ống xăm, sau đó cần người trụ trì giải đáp quẻ xăm đó. Tuy nhiên tại ngôi chùa thì máy lại có ra lời giải thích xăm luôn. Bởi vì sự độc đáo như vậy mà có rất nhiều du khách tìm tới chùa Vạn Phật xin xăm bằng máy để dự đoán tương lai bản thân.
Chùa Vạn Phật hơn 50 năm qua vừa là trung tâm tu học, thuyết giảng Phật pháp cho đông đảo Phật tử người Hoa, người Việt vừa là nơi đứng ra tổ chức các hoạt động từ thiện xã hội của Phật giáo quận 5 nhằm cứu trợ, giúp đỡ người nghèo có hoàn cảnh khó khăn cũng như trẻ em cơ nhỡ.