Cụ thể, trường tuyển 245 học sinh cho 7 lớp chuyên Toán, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tiếng Anh và Ngữ văn, mỗi lớp không quá 35 học sinh; tuyển 145 học sinh cho các lớp không chuyên tại cơ sở 1 (Nguyễn Chí Thanh, quận 5).
Đồng thời, tuyển 210 học sinh cho 6 lớp chuyên Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Tiếng Anh vào học cơ sở 2 (khu đô thị ĐH Quốc gia TP.HCM, quận Thủ Đức)
Các em sẽ thi 4 môn gồm: Toán, Ngữ văn, Tiếng Anh và một môn chuyên tự chọn.
Trường sẽ tổ chức một đợt thi tuyển chung cho cả 2 cơ sở với 10 môn thi, gồm 3 môn cơ bản: Toán, Văn, tiếng Anh và 7 môn chuyên Toán, Văn, tiếng Anh, Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học.
Đề thi theo hình thức tự luận, riêng đề thi môn Tiếng Anh chuyên và không chuyên có hai phần tự luận và trắc nghiệm khách quan.
Điểm bài thi tính theo thang điểm 10. Điểm bài thi các môn cơ bản được tính hệ số 1, các môn chuyên được tính hệ số 2.
Điểm xét tuyển vào các lớp chuyên tại mỗi cơ sở là tổng số điểm các bài thi cơ bản và điểm bài thi chuyên tương ứng với lớp chuyên (đã nhân hệ số). Điểm xét tuyển vào các lớp không chuyên là tổng số điểm các bài thi cơ bản (không nhân hệ số).
Để dự thi vào trường Phổ thông Năng khiếu, học sinh phải xếp loại hạnh kiểm và học lực cả năm học của các lớp cấp THCS từ khá trở lên; xếp loại tốt nghiệp THCS từ khá trở lên.
Kỳ thi diễn ra từ ngày 25 đến 29.5. Như vậy, ngoài kỳ thi tuyển sinh vào lớp 10 do Sở GD-ĐT TP.HCM tổ chức vào ngày 2 và 3 - 6-2019, học sinh lớp 9 ở TP.HCM còn có thể tham gia thi thêm 1 kỳ thi nữa ở Trường phổ thông Năng khiếu.