Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm được thành lập nhằm bảo tồn đa dạng sinh học, các hệ sinh thái đặc dưỡng. Trong đó hệ sinh thái rạn san hô là hệ sinh thái bậc nhất Cù Lao Chàm với hơn 292 loài.
Hiện nay, các chuyên gia cho biết san hô ở Cù Lao Chàm và một số loài san hô ở trong nước có vai trò rất quan trọng đối với con người trong xây dựng kinh tế xã hội. San hô là nơi cư ngụ của rất nhiều thủy hải sản, qua đó tạo nên giá trị kinh tế cho người dân thông qua đánh bắt thủy hải sản.
Ngoài ra, hoạt động du lịch ngắm san hô đã thu hút khách du lịch đến với Cù Lao Chàm với hơn 400.000 du khách/năm cũng phần nào giúp tăng thêm thu nhập cho người dân. Bên cạnh đó, các rạn san hô góp phần bảo vệ bờ biển, chống xói lở. Tuy nhiên rạn san hô cũng đối mặt với một số thảm họa từ các hoạt động du lịch và biến đổi khí hậu.
Ông Lê Vĩnh Thuận, Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm cho biết: “Trong quá trình tiếp nhận chuyển giao công nghệ từ Viện Hải Dương học – Viện hàn lâm khoa học công nghệ Việt Nam, Khu bảo tồn biển Cù Lao Chàm đã gặp không ít khó khăn với những hoạt động để thích nghi thích ứng với biến đổi khí hậu, siêu bão... Các hoạt động du lịch cũng là một trong những thách thức mà chúng tôi cho rằng cần có những biện pháp nhằm kiểm soát tốt hoạt động du lịch với đảo Cù Lao Chàm.”
Theo GS.TS Nguyễn Quảng Trường, Phó viện trưởng viện sinh thái và thiên nhiên sinh vật Việt Nam: “Tuy có kết quả đáng ghi nhận nhưng hiện nay chúng ta vẫn đang đối mặt với các thách thức các hệ sinh thái bị suy giảm do các chính sách phát triển kinh tế. Bởi vì chúng ta phải sử dụng các nguồn tài nguyên để phục vụ mục đích phát triển kinh tế.”
Các chuyên gia đã khẳng định chúng ta phải bảo vệ bằng được các rạn san hô bởi đó chính là nguồn cung cấp thức ăn cho thủy hải sản và sinh vật khác. Đồng thời bảo vệ san hô cũng chính là bảo vệ nguồn lợi thủy hải sản nhằm phát triển kinh tế.
Ngoài ra, các chuyên gia cho rằng đối với khai thác hải sản chúng ta cần phải tuân thủ các khuyến cáo của nhà nước. sử dụng các biện pháp đánh bắt, khai thác một cách bền vững.
