Lần thứ nhất, ngày Mậu Tuất, tháng 5 năm Minh Mạng thứ sáu, sau khi thuyền ngự đến bến Hóa Khuê, vua và thị thần lên vãng cảnh Ngũ Hành. Ngay lần đến đầu tiên, vua đã cho xây dựng hai con đường bậc cấp lên núi, đó là lối lên chùa Tam Thai (nay là cổng 1) và lối lên chùa Linh Ứng (nay là cổng 2).
Vua cũng ngự ban cho chùa Tam Thai một tấm biển bằng đồng, mạ vàng có hình lá đề có chạm khắc hình ngọn lửa (nên còn gọi là “Quả tim lửa”), cao 57,5cm, rộng 41cm, dày 2cm hai mặt có các dòng chữ do chính vua ngự ban, mặt sau ghi: “Minh Mạng lục niên kiết nhật tạo” (Được làm vào ngày tốt năm Minh Mạng thứ sáu). Vua cho tu bổ lại chùa Tam Thai, ban cho chùa một tấm biển ghi rõ: “Ngự chế Tam Thai Tự, Minh Mạng lục niên phụng tạo” (Ban sửa sang lại chùa Tam Thai, năm Minh Mạng thứ sáu tạo lập).
Vua sắc phong chùa Tam Thai và chùa Linh Ứng là “Quốc tự”.
Cũng năm này, vua cho người khắc tên lên đá 3 chữ “Động Huyền Vi” lên vách đá vào động Huyền Vi, hang động được phát hiện vào thời Lê Cảnh Hưng. Mãi đến năm 1960, các vị chư tăng ở đây mới cho khai mở một đường hầm dài để thông vào hang.
Lần thứ hai, năm 1827, vua cho đúc 9 tượng và 3 chuông lớn ở chùa Tam Thai.
Lần thứ ba, năm 1837, vua xuống sắc chỉ ban tên gọi chính thức cho các ngọn núi, như Đại Nam dư địa chí ước biên thời Nhà Nguyễn chép: “Ngũ Hành Sơn ở huyện Diên Phước... Tục gọi là hòn Non Nước. Năm Minh Mạng thứ mười tám (1837) có sắc chỉ, ban cho ngọn núi phía đông bắc (núi Tam Thai) là Thủy Sơn. Ba ngọn núi phía tây nam là núi Mộc Sơn, núi Dương Hỏa, núi Âm Hỏa (vì thế Ngũ Hành Sơn có đến 6 ngọn núi-ĐNCT). Hai ngọn phía tây là Thổ Sơn, Kim Sơn, (cho) khắc tên núi lên đá”.
Cũng năm này, vua cho lập bia Vọng Giang Đài bằng đá sa thạch, ở chính giữa tấm bia có khắc chìm 3 chữ Hán đại tự “Vọng Giang Đài” và dòng lạc khoản ghi năm dựng bia “Minh Mạng thập bát niên thất nguyệt cát nhật” (Bia được lập vào ngày tốt, tháng 7 năm Minh Mạng thứ mười tám). Mặt chính của tấm bia quay về hướng sông Cổ Cò, vì vậy, đứng ở Vọng Giang Đài có thể nhìn bao quát sông ngòi của vùng đất Ngũ Hành Sơn.
Bia Vọng Hải Đài ở phía trước và bên phải chùa Linh Ứng, với lối kiến trúc và văn bia giống với bia Vọng Giang Đài, chỉ khác ở 3 chữ Hán đại tự “Vọng Hải Đài” và mặt chính của bia quay nhìn ra Biển Đông.
Tên gọi Ngũ Hành Sơn xuất hiện muộn hơn, năm 1806, trong Hoàng Việt nhất thống dư địa chí của Lê Quang Định: “Phía đông bến đò xã Hoàn Ký Đông có núi Ngũ Hành Sơn, năm tòa núi chia làm Kim, Mộc, Thủy, Hỏa, Thổ gọi là núi Non Nước”.
Danh thắng Ngũ Hành Sơn được Bộ Văn hóa (nay là Bộ Văn hóa-Thể thao và Du lịch) công nhận là di tích Lịch sử Văn hóa cấp quốc gia vào ngày 22.3.1990. Và ngày 24.12.2018, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định số 1820/QĐ-TTg xếp hạng di tích cấp quốc gia danh thắng Ngũ Hành Sơn (phường Hòa Hải, quận Ngũ Hành Sơn) là di tích cấp quốc gia đặc biệt.
