Với những giá trị đặc biệt, khu di tích chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách đã được nhà nước công nhận là di tích quốc gia đặc biệt. Mặc dù liên tục được tu bổ, bảo tồn, nhưng không gian cảnh quan khu chùa Thầy, khu núi đá Sài Sơn đã bị xâm lấn bởi nhiều hộ dân ngay khu vực liền kề với chùa và dọc theo chân núi ven hồ trước chùa. Hệ thống giao thông liên kết các thành phần di tích khu vực chùa Thầy và núi đá Sài Sơn chưa được định hình, các khu vực núi đá Hoàng Xá, Phượng Cách hầu như chưa có phương án bảo tồn và phát huy nên đã xuất hiện những hoạt động tự phát không được kiểm soát. Hạ tầng kỹ thuật còn đơn giản, sơ sài. Hệ thống các công trình dịch vụ chưa được đầu tư cơ bản nên các thành phần tạm thời hiện nay chưa đáp ứng được nhu cầu thực tế, gây ảnh hưởng đến không gian cảnh quan di tích và gây khó khăn cho công tác quản lý, sử dụng, khai thác… Những vấn đề này rất cần thiết và chỉ có thể giải quyết trước hết trên cơ sở một quy hoạch tổng thể khu di tích.
Trước thực trạng đó, để có đầy đủ cơ sở pháp lý và điều kiện làm tốt công tác bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị khu di tích chùa Thầy và khu vực núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách với ý nghĩa là một di tích quốc gia đặc biệt, UBND huyện Quốc Oai đề nghị UBND TP xem xét cho phép lập quy hoạch tổng thể khu di tích quốc gia đặc biệt chùa Thầy và khu núi đá Sài Sơn, Hoàng Xá, Phượng Cách. Từ đề nghị của UBND huyện Quốc Oai, Phó Chủ tịch UBND TP Ngô Văn Quý giao Sở Văn hóa và Thể thao Hà Nội chủ trì, phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Quy hoạch kiến trúc và các đơn vị liên quan thống nhất, đề xuất, báo cáo UBND TP.
