Theo Thông tư 40, các sàn giao dịch TMĐT, chủ sở hữu sàn sẽ có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thay cho cá nhân kinh doanh thông qua sàn theo lộ trình của cơ quan thuế. Như vậy, thay vì mỗi một cá nhân kinh doanh tự thực hiện nghĩa vụ của mình thì sắp tới, nghĩa vụ của của hàng triệu nhà bán hàng lại chuyển giao sang đơn vị quản lý sàn.
Đại diện Hiệp hội Thương mại điện tử Việt Nam (VECOM) cho rằng, quy định này sẽ tạo một gánh nặng to lớn cho doanh nghiệp khi phải thực hiện nghĩa vụ thay cho các đối tượng này. Điều đó có nghĩa là, ngoài việc phải tìm cách tồn tại, duy trì và phát triển doanh nghiệp, các đơn vị sàn còn phải bổ sung thêm nguồn lực (hệ thống, nhận sự, tài chính) để thực hiện thêm nghĩa vụ kê khai và nộp thuế thay cho người bán trên sàn của mình.
Theo Luật sư Nguyễn Tiến Hòa - Đoàn Luật sư TP. Hồ Chí Minh, theo quy định người bán hàng tại các sàn giao dịch TMĐT chính là người trực tiếp có thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh, sẽ là cá nhân có thu nhập chịu thuế, từ đó có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế vào ngân sách Nhà nước.
Việc buộc sàn TMĐT phải kê khai, nộp thuế thay người kinh doanh không chỉ gây khó khăn cho doanh nghiệp, mà còn làm mất tính cạnh tranh của sàn TMĐT với các nền tảng khác có chức năng bán hàng nhưng chưa thuộc đối tượng điều chỉnh của Thông tư, nhất là trong bối cảnh dịch COVID-19 như hiện nay.
Một số chuyên gia cho rằng, với quy định nêu trên, các sàn TMĐT có thể sẽ mất khách hàng, bởi lẽ để thực hiện được việc kê khai, khấu trừ thuế thì nhiều khả năng, các sàn buộc phải khấu trừ tiền thuế của người kinh doanh trước giao dịch. Khi đó, người bán sẽ lựa chọn lên sàn TMĐT bán hàng để vừa phải “đầu tư” cho việc lên sàn, vừa bị trừ thuế với việc chuyển sang các mạng xã hội chưa thuộc diện điều chỉnh của Thông tư 40 hay “bê hàng” về chợ truyền thống.
Mặt khác, theo quy định tại khoản 1 Điều 3, Nghị định 63/2010/NĐ-CP, quy định mới này đang tạo ra một thủ tục hành chính mới cho các bên trung gian thương mại. Việc đưa ra các yêu cầu tại Thông tư như một thủ tục hành chính mới là không phù hợp với quy định của Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật.
