Trong cuộc họp báo báo ở Denpasar, Bali vào ngày 25.4, các sĩ quan quân sự Indonesia đã công bố sơ đồ chiếc tàu ngầm KRI Nanggala 402 bị mất tích. Lực lượng tìm kiếm xác nhận đã được tìm thấy xác tàu ngầm KRI Nanggala 402 bị vỡ làm ba và đang nằm dưới đáy vùng biển ngoài khơi Bali.
Cùng với việc tìm thấy xác tàu ngầm KRI Nanggala 402, giới chức Indonesia cũng xác nhận "toàn bộ 53 người trên tàu đã thiệt mạng".
Việc xác định được vị trí con tàu KRI Nanggala 402 chìm là nhờ tàu thăm dò hải dương KRI Rigel phát hiện dấu hiệu lạ ở vùng đáy biển sâu 800m vào lúc 1 giờ ngày 25.4 (theo giờ địa phương).
Tuy nhiên, KRI Rigel chỉ phát hiện được dấu hiệu ở độ sâu 800m. Còn lại các thông tin sau đó về tàu KRI Nanggala 402 được thu thập nhờ tàu cứu hộ MV Swift Rescue của Singapore. Lần cuối cùng KRI Nanggala 402 liên lạc với sở chỉ huy là hồi 3 giờ ngày 21.4.