Theo Quyết định 164, quy trình này gồm 3 bước: Bước chuẩn bị; bước tiến hành và bước kết thúc.
Trong bước chuẩn bị, công việc đầu tiên là thành lập đoàn giải quyết tố cáo và xây dựng kế hoạch giải quyết tố cáo.
Theo đó, Ủy ban Kiểm tra Trung ương (hoặc cơ quan tham mưu, giúp việc Bộ Chính trị, Ban Bí thư được Thường trực Ban Bí thư giao) làm việc với người tố cáo để xác định rõ danh tính, địa chỉ người tố cáo; tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo và nội dung tố cáo.
Bộ Chính trị, Ban Bí thư sẽ ban hành quyết định thành lập đoàn và kế hoạch giải quyết tố cáo; căn cứ tính chất, nội dung tố cáo để quyết định trưởng đoàn, thành phần, số lượng thành viên đoàn kiểm tra cho phù hợp.
Bộ Chính trị nêu rõ kế hoạch giải quyết tố cáo phải xác định rõ mục đích, yêu cầu, nội dung, đối tượng, mốc thời gian, phương pháp, thời gian tiến hành...
Thời hạn giải quyết tố cáo không quá 180 ngày, kể từ ngày ban hành quyết định thành lập đoàn kiểm tra. Trường hợp cần thiết có thể quyết định gia hạn thời gian giải quyết nhưng không quá 60 ngày.
Ở bước tiến hành - bước 2, Đoàn kiểm tra triển khai quyết định, kế hoạch giải quyết tố cáo, thống nhất lịch làm việc với tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo và đại diện tổ chức đảng quản lý đảng viên.
Đoàn kiểm tra cũng sẽ yêu cầu tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo chuẩn bị báo cáo theo đề cương. Tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo sẽ chuẩn bị báo cáo giải trình bằng văn bản và hồ sơ, tài liệu có liên quan gửi Bộ Chính trị, Ban Bí thư (qua Đoàn kiểm tra).
Ở giai đoạn thẩm tra, xác minh, Đoàn kiểm tra sẽ nghiên cứu báo cáo, hồ sơ, tài liệu và chứng cứ nhận được; tiến hành thẩm tra, xác minh, làm việc với người tố cáo, các tổ chức, cá nhân có liên quan. Trong quá trình thẩm tra, xác minh, Đoàn kiểm tra gặp và làm việc trực tiếp với người tố cáo (nếu cần) và thực hiện biện pháp bảo vệ người tố cáo theo quy định.
Tiếp đó, Đoàn kiểm tra xây dựng dự thảo báo cáo kết quả giải quyết tố cáo.
Trường hợp vi phạm đã rõ, đến mức phải kỷ luật và tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo tự giác kiểm điểm, nhận hình thức kỷ luật tương xứng với hành vi vi phạm, Trưởng Đoàn kiểm tra báo cáo Thường trực Ban Bí thư cho kết hợp thực hiện quy trình thi hành kỷ luật cùng với quy trình giải quyết tố cáo (quy trình kép).
Trong khi thực hiện kiểm tra, xác minh, nếu phát hiện tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo có dấu hiệu vi phạm khác, Trưởng Đoàn báo cáo Bộ Chính trị, Ban Bí thư xem xét, quyết định chuyển sang kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm hoặc giao Ủy ban Kiếm tra Trung ương kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm; đưa kết luận nội dung tố cáo vào báo cáo kết quả kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm để xem xét, kết luận chung; đồng thời lập hồ sơ kết thúc việc giải quyết tố cáo.
Tiếp theo, Đoàn kiểm tra tổ chức hội nghị thông qua báo cáo kết quả giải quyết tố cáo.
Ở bước thứ 3, Hội nghị Bộ Chính trị, Ban Bí thư sẽ xem xét, kết luận (nếu thuộc thẩm quyền giải quyết của Trung ương, Đoàn kiểm tra báo cáo Bộ Chính trị cho ý kiến chỉ đạo trước khi trình Trung ương).
Tại hội nghị này, Đoàn kiểm tra báo cáo kết quả giải quyết tố cáo; trình bày đầy đủ ý kiến của tổ chức đảng, đảng viên bị tố cáo và người tố cáo, các tổ chức đảng, đảng viên có liên quan.
Hội nghị thảo luận, kết luận trước khi bỏ phiếu quyết định hình thức kỷ luật hoặc đề nghị cấp có thẩm quyền thi hành kỷ luật tổ chức đảng, đảng viên vi phạm (nếu thực hiện quy trình kép).
Đoàn kiểm tra sau đó hoàn thiện thông báo kết luận giải quyết tố cáo, quyết định kỷ luật hoặc báo cáo đề nghị cấp có thẩm quyền thi hành kỷ luật trình Thường trực Ban Bí thư ký, ban hành.
