Trong lịch sử 47 năm xây dựng của Traphaco, Công đoàn công ty đã có tiếng nói quan trọng, đảm bảo quyền lợi cho người lao động, tạo môi trường làm việc công bằng, bình đẳng giúp cho người lao động yên tâm gắn bó và cống hiến, góp phần vào sự phát triển lớn mạnh của Traphaco hôm nay. Công đoàn đã thay mặt tập thể CBCNV công ty bảo vệ các quyền và lợi ích chính đáng của người lao động được thực hiện đúng theo pháp luật: Chế độ nghỉ mát, thưởng ngày Lễ, Tết cho CBCNV, chế độ chăm sóc đặc biệt cho cán bộ nữ, các hoạt động khen thưởng cho con em CBCNV... Thực hiện các quy định của pháp luật lao động hiện hành, các hoạt động đối thoại (thông qua Hội nghị người lao động hàng năm), tổ chức công đoàn, các khảo sát nội bộ nhằm tìm hiểu tâm tư nguyện vọng, cũng như chia sẻ định hướng kinh doanh, kết quả hoạt động của Traphaco, gắn kết và hài hòa mục tiêu và động cơ cá nhân với mục tiêu chung của tổ chức.
Công đoàn thường xuyên tham gia và tham mưu cho chính quyền trong công tác khám sức khỏe định kỳ cho người lao động, xây dựng thỏa ước lao động tập thể, đảm bảo các vấn đề liên quan an toàn và sức khỏe nghề nghiệp, chế độ bồi dưỡng độc hại, trang bị đầy đủ phương tiện phòng hộ cá nhân.
Cùng với việc đảm bảo thực hiện quyền lợi, Công đoàn công ty rất chú trọng công tác tuyên truyền, nâng cao hiểu biết về lao động, pháp luật công đoàn cho người lao động. Thông qua hoạt động truyền thông nội bộ đa dạng về hình thức và nhất quán về nội dung (SMS, Zalo, group Traphaco - Ngôi nhà hạnh phúc) đã kịp thời cung cấp thông tin, tạo diễn đàn cho người lao động thảo luận, chia sẻ các thông tin liên quan trực tiếp đến đời sống và hoạt động công đoàn.
Ngoài chăm lo vật chất, công đoàn thường xuyên phối hợp với chuyên môn tổ chức các phong trào văn hóa - thể thao tạo sân chơi vui khoẻ , lành mạnh cho CNLĐ sau giờ làm việc như: bóng đá, tennis; các hội diễn văn nghệ, hoạt động du xuân, "tuần lễ nghỉ mát" trở thành nét văn hoá góp phần đưa các thành viên của Traphaco chia sẻ và xích lại gần nhau hơn. Với sự nỗ lực của Ban lãnh đạo và Công đoàn công ty, CTCP Traphaco vinh dự lọt TOP 50 nơi làm việc tốt nhất Việt Nam năm 2017; Chỉ số hạnh phúc của người lao động đạt 82,7 điểm, cao hơn hẳn mức trung bình ngành và toàn thị trường (theo nghiên cứu Anphabe 2017), 3 năm liền được vinh danh tại Bảng xếp hạng doanh nghiệp tiêu biểu vì người lao động.
Theo Chủ tịch CĐ GTVT Đỗ Nga Việt, những thành tích đã đạt được của Công đoàn Cty CP Traphaco đã luôn đồng hành cùng với chuyên môn, dưới sự lãnh đạo của Công đoàn GTVT Việt Nam, Đảng ủy Công ty thực hiện tốt chức năng của tổ chức công đoàn, liên tục nâng cao chỉ số hạnh phúc của người lao động… Huân chương lao động hạng Nhất là sự ghi nhận xứng đáng cho những đóng góp của Công đoàn công ty, cùng Ban lãnh đạo chung tay chăm lo cho người lao động trong các giai đoạn, đặc biệt là thời kỳ khó khăn vừa qua. Tin tưởng rằng, Công đoàn công ty sẽ tiếp tục phát huy giá trị truyền thống, tiếp tục đổi mới trong các hoạt động, thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của tổ chức Công đoàn, chăm lo cho người lao động, đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình phát triển sắp tới.