Theo các tài liệu Báo Lao Động thu thập được, trước khi có tờ trình của UBND TPHCM ngày 27.5.1996 trình Thủ tướng phê duyệt quy hoạch 1/5.000 KĐT mới Thủ Thiêm, Chính phủ đã có Quyết định 20/TTg về việc phê duyệt quy hoạch tổng thể xây dựng TPHCM.
Quyết định này chỉ ra những điểm cần lưu ý: TPHCM là trung tâm kinh tế, giao dịch quốc tế và du lịch của nước ta. Có vị trí quan trọng sau thủ đô Hà Nội. Chính vì vậy, trong quy hoạch xây dựng TP cần kết hợp phát triển với cải tạo, vừa xây dựng mới, vừa khắc phục những bất hợp lý trong cấu trúc của TP do lịch sử để lại.
Chính phủ yêu cầu riêng hướng phát triển khu trung tâm TP qua Thủ Thiêm cần được cân nhắc cụ thể về điều kiện đất đai, hạ tầng kỹ thuật, môi trường.
Từ Quyết định này, TPHCM có Tờ trình 1861/TT-UB/QLĐT ngày 27.5.1996 trình Thủ tướng phê duyệt quy hoạch 1/5.000.
Theo tờ trình, khu Thủ Thiêm được xác định trong mặt bằng tổng thể là khu vực để phát triển, xây dựng một khu đô thị mới hiện đại, là trung tâm giao dịch thương mại, tài chính, dịch vụ.
Về quy mô, KĐT Thủ Thiêm có diện tích 770 ha, dân số khoảng 200.000 người. Khi chuyển đất tái định cư (giáp danh phạm vi lập quy hoạch) có diện tích 160 ha, dân số 45.000 người.
7 phân khu chức năng của khu đô thị Thủ Thiêm, gồm trung tâm giao dịch thương mại tài chính (ở trung tâm Thủ Thiêm), khu trung tâm hội chợ triển lãm quốc tế (ở phía nam bán đảo), khu nhà ở cao cấp nhiều chủng loại (ở phía bắc bán đảo); khu trung tâm văn hóa du lịch và giải trí (phía nam và dọc sông Sài Gòn); khu trung tâm văn hóa du lịch (phía đông nam và theo các trục lộ Đông - Tây, Bắc - Nam); khu trung tâm hành chính, quảng trường (đối diện Công trường Mê Linh, quận 1); khu tái định cư (phía đông).
Căn cứ trên tờ trình này, Thủ tướng Chính phủ khi đó đã có quyết định 367 vào năm 1996, với các nội dung chính: Quy mô lập diện tích quy hoạch là 930 ha, trong đó khu đô thị mới 770 ha và quy mô tái định cư là 160 ha. Thời điểm này, Thủ Thiêm vẫn thuộc H.Thủ Đức, chưa thuộc Q.2 như hiện nay.
Sau Nghị định 03 của Chính phủ về việc thành lập Q.Thủ Đức, Q.2, Q.7, Q.9 và thành lập các phường thuộc các quận mới, cùng Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về việc phê duyệt điều chỉnh quy hoạch chung TPHCM đến năm 2020, thì đến năm 2002, Thủ tướng có Công văn hỏa tốc số 190 cho phép UBND TPHCM thực hiện việc thu hồi đất xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm.
Sau đó, đến năm 2005, khu đô thị này được điều chỉnh theo Quyết định số 6565/QĐ-UBND của UBND TPHCM ngày 27.12.2005.
Tài liệu Báo Lao Động có được, tại Quyết định số 6565 lúc đó do Phó Chủ tịch UBND TP.HCM Nguyễn Văn Đua ký, đã duyệt quy hoạch khu đô thị mới Thủ Thiêm tỷ lệ 1/5.000 với các nội dung chính: Có diện tích quy mô khu trung tâm là 737 ha, trong đó khu đô thị phát triển mới là 657 ha, khu đô thị chỉnh trang là 80 ha. Tổng số dân định cư là 130.000 người. Tổng diện tích sàn xây dựng khoảng 6.000.000 m2 sàn.
Đáng chú ý, tại điều 2 của Quyết định 6565 nêu rõ: “Quyết định này thay thế Quyết định 367/TTg ngày 4.6.1996 của Thủ tướng Chính phủ”.
Được biết, Quyết định 6565 của UBND TPHCM thời điểm đó được căn cứ theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ theo Văn bản số 1642 ngày 24.11.2003, lúc đó do Phó Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ký.
Liên quan đến Quyết định 6565, năm 2016, Bộ Xây dựng sau khi không tìm thấy bản đồ quy hoạch tỷ lệ 1/5.000 Dự án khu đô thị mới Thủ Thiêm đã cho rằng về mặt pháp lý thì quy mô diện tích của khu đô thị mới Thủ Thiêm sẽ căn cứ theo các văn bản của cấp có thẩm quyền từ thời điểm Quyết định 6565 có hiệu lực.
Tuy nhiên có nhiều ý kiến cho rằng, muốn thay thế quyết định 367/TTg ngày 4.6.1996 của Thủ tướng Chính phủ phải có quyết định tương đương của Thủ tướng Chính phủ hoặc cấp thẩm quyền cao hơn. Và ý kiến chỉ đạo không thay thế được Quyết định.
Liệu Quyết định 6565 của UBND TP là vô hiệu vì không thể thay thế được quyết định 367/TTg (?).