Năm 2014, trước tình trạng xuống cấp trầm trọng của di tích, được sự cho phép của Cục Di sản văn hóa, UBND huyện Thanh Oai có quyết định chính thức trùng tu di tích này. Tuy nhiên không lâu sau, dự án tôn tạo đã bị Sở VHTT Hà Nội yêu cầu tạm dừng, bởi trong quá trình thực hiện có nhiều sai phạm. Đặc biệt là sự xuất hiện của công trình xây dựng mới, mặt bằng hình lục giác (lầu lục giác) được xây dựng trong khu vực khoanh vùng bảo vệ di tích mà không có ý kiến bằng văn bản của Bộ VHTTDL.
Sau khi khắc phục bằng cách dỡ lầu lục giác đi, quá trình tu bổ tiếp tục được diễn ra. Nhưng theo ghi nhận của PV ngày 10.4, thì ngay khu vực xây lầu lục giác trước kia xuất hiện công trình mới, là một bức tượng Phật bằng đá và đôi sư tử đá.
Chia sẻ về việc xuất hiện linh vật “lạ” trong chùa Sổ và nó có nằm trong dự án tu bổ di tích này hay không, ông Trương Minh Tiến - Phó Giám đốc Sở VHTT Hà Nội - khẳng định: “Không bao giờ chúng tôi cho làm việc này. Tôi sẽ cho cán bộ kiểm tra, còn trong hồ sơ chắc chắn sở không bao giờ cho đưa sư tử đá vào di tích cổ như thế cả”.
Sau khi xem những bức ảnh phóng viên chụp tại di tích chùa Sổ, nhà nghiên cứu Trần Hậu Yên Thế bức xúc: Chưa nói đến vấn đề xâm hại di tích quốc gia, mà việc làm này còn vi phạm công văn 2662 ngày 8.8.2014 của Bộ VHTTDL về việc không sử dụng biểu tượng, sản phẩm, linh vật ngoại lai không phù hợp thuần phong mỹ tục Việt Nam. Tôi khẳng định đây là sư tử Trung Quốc, thời nhà Minh, đặt ở Tử Cấm Thành Bắc Kinh. Tôi nghĩ nên dẹp bỏ, đưa ngay đôi sư tử này ra khỏi di tích vì không phù hợp”.
“Tôi mới về nhận nhiệm vụ được 2 tháng nên chưa nắm được thông tin. Tôi sẽ kiểm tra công trình tu bổ và thông tin lại cho phóng viên” - là câu trả lời của ông Lợi - Trưởng phòng Văn hóa - Thông tin huyện Thanh Oai - trước thắc mắc của phóng viên về việc tại sao lại xuất hiện đôi sư tử ngoại lai trong di tích quốc gia.
