Theo Viện nghiên cứu nuôi trồng thủy sản III, phần lớn các ao, đìa nuôi trồng thủy sản của người dân Phú Yên đã được thu hoạch. Tuy nhiên, sau cơn bão số 12, diện tích ao, đìa nuôi bị thiệt hại chủ yếu tập trung ở thị xã Sông Cầu.
Diện tích thiệt hại ước tính 103,4 ha nuôi tôm nước lợ; 132,9 ha nuôi cá nước mặn và các loại hải sản khác. Ước tính thiệt hại khoảng 9,1 tỉ đồng.
Sau cơn bão số 12, lồng bè nuôi trồng thủy sản bị ảnh hưởng bởi nước ngọt đổ về làm tôm hùm ở thị xã Sông Cầu bị chết.
Theo đó, số lượng lồng, bè bị thiệt hại là 1.521 lồng nuôi/ 169 hộ (chủ yếu ở Xuân Thành và Xuân Phương). Ước tính thiệt hại khoảng 39 tỉ đồng. Ngoài ra, 67 lồng cá bớp (khoảng 7.000 con) bị chết do mưa, lũ.
Trong những ngày qua, nhiều tổ chức, cá nhân đã đến thị xã Sông Cầu để "giải cứu" tôm hùm chết, phần nào giúp cho bà con khắc phục thiệt hại. Hiện tại, địa phương đang làm công tác thống kê để hỗ trợ người nuôi tôm hùm vượt qua khó khăn.