Theo đó, ngày 26.7, Thanh tra tỉnh Thanh Hóa đã có kết luận số 1710/KLTTTH, trong đó chỉ rõ việc UBND tỉnh Thanh Hóa giao 11.566,8m2 đất đã được Nhà nước giải phóng mặt bằng và hoàn thiện hạ tầng tại vị trí đất có giá trị thương mại cao, không thông qua đấu giá cho Tập đoàn FLC là vi phạm Luật Đất đai năm 2013, thất thoát ngân sách nhà nước.
Kết luận cũng đã quy trách nhiệm cho nhiều sở, ban ngành liên quan như: Sở KHĐT, Sở Tài nguyên - Môi trường (TNMT), Sở Xây dựng, UBND TP Thanh Hóa. Đây là những đơn vị đã được Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa giao tham mưu, dẫn tới những sai phạm như kết luận thanh tra đã chỉ ra.
Trong đó, Sở KHĐT được xác định tham mưu tiếp tục lựa chọn nhà đầu tư dự án thuê đất dịch vụ thương mại làm chủ đầu tư dự án nhà ở thương mại khi chưa đủ điều kiện, không đúng quy định tại Khoản 1 Điều 13 Nghị định số 71/2010/NĐ-CP của Chính phủ.
Kết luận của Thanh tra tỉnh Thanh Hóa chỉ rõ: Việc "Sở KHĐT tham mưu cho UBND tỉnh cấp Giấy chứng nhận đầu tư dự án Khu nhà hỗn hợp FLC là nguyên nhân dẫn đến việc giao đất đã được Nhà nước giải phóng mặt bằng, hoàn thiện hạ tầng, với diện tích 11.566,8 m2 cho nhà đầu tư".
Về việc này, Sở KHĐT tỉnh Thanh Hóa cho rằng nội dung kết luận trên là chưa phù hợp, chưa sát với bản chất sự việc. Cụ thể, Sở KHĐT chỉ tham mưu cho UBND tỉnh cấp giấy chứng nhận đầu tư số 26121000066 ngày 2-6-2014 cho Tập đoàn FLC thực hiện dự án "Khu nhà hỗn hợp FLC", trên cơ sở Luật Đầu tư năm 2005; Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22-9-2006 của Chính phủ, hồ sơ đề nghị cấp giấy chứng nhận đầu tư của Tập đoàn FLC và tổng hợp ý kiến của Sở Xây dựng, Sở TNMT, Sở Tài chính, Cục Thuế tỉnh, UBND TP Thanh Hóa. Sở KHĐT khẳng định "không tham mưu tiếp tục lựa chọn nhà đầu tư dự án thuê đất dịch vụ thương mại làm chủ đầu tư dự án nhà ở thương mại (nội dung này do Sở Xây dựng tham mưu)".
Sở KHĐT cũng cho rằng: "các quyết định giao đất, cho Tập đoàn FLC thuê đất của UBND tỉnh Thanh Hóa do Sở TNMT tham mưu đều căn cứ vào Luật Đất đai năm 2013". Theo đó, việc "đầu tư xây dựng nhà ở để bán hoặc cho thuê hoặc cho thuê mua" là một trong các trường hợp Nhà nước giao đất có thu tiền sử dụng đất, cho thuê đất theo hình thức đấu giá quyền sử dụng đất; cơ quan chuyên môn về đất đai cấp tỉnh (Sở TNMT) phải căn cứ vào các văn bản quy phạm pháp luật về đất đai (cao nhất là Luật Đất đai) để tham mưu cho UBND tỉnh giao đất cho nhà đầu tư đảm bảo quy định. Trong trường hợp khi tham mưu giao đất, Sở TNMT phát hiện chủ trương đầu tư (hoặc giấy chứng nhận đầu tư) không đúng với quy định của Luật Đất đai thì Sở TNMT phải có trách nhiệm báo cáo UBND tỉnh dừng thực hiện các thủ tục giao đất".
Ngoài ra, Sở KHĐT Thanh Hóa cho rằng, đến nay cơ quan Nhà nước có thẩm quyền chưa ban hành bất kỳ văn bản nào khác điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư số 26121000066 ngày 2-6-2014 của UBND tỉnh Thanh Hóa. Do đó, nếu xác định dự án đang hoạt động theo giấy trên thì tất cả các văn bản được ban hành sau thời điểm cấp giấy chứng nhận đầu tư số 26121000066 đều không đúng quy định…
Từ những lập luận trên, Sở KHĐT tỉnh Thanh Hóa đã đề nghị Thanh tra tỉnh Thanh Hóa xem xét, bỏ 3 nội dung trong kết luận. Đây đều là những nội dung mà Sở KHĐT được xác định có vi phạm.