Đây là hệ quả của áp dụng thuế bình quân gia quyền trong công thức tính giá cơ sở. Loại thuế này được xem là giải pháp tình thế của Bộ Tài chính trong bối cảnh tồn tại song song các mức thuế khác nhau với cùng một mặt hàng xăng dầu từ khu vực ASEAN là 10% và từ các thị trường áp dụng thuế nhập khẩu ưu đãi thông thường là 20%.
Đề cập tới loại thuế này, tại kết luận vừa công bố, Kiểm toán Nhà nước cho biết, năm 2015 và 5 kỳ điều hành đầu tiên năm 2016 Liên bộ Công Thương - Tài chính đã áp dụng thuế MFN trong điều hành và được Kiểm toán nhà nước cho là không phù hợp với thực tế phát sinh tại các đầu mối nhập khẩu, dẫn tới giá cơ sở tăng lên, tạo nên một khoản chênh lệch lớn không hợp lý cho các đơn vị đầu mối.
Theo tính toán, nhờ khoản chênh lệch về thuế nhập khẩu này, 10 thương nhân đầu mối được kiểm toán đã hưởng lợi khoảng hơn 3.375 tỉ đồng trong năm 2015 và 5 kỳ điều chỉnh đầu năm 2016.
Sau đó, sang năm 2016, từ kỳ điều hành ngày 21.3, việc tính toán giá cơ sở tại Liên Bộ được điều chỉnh bằng việc áp dụng thuế bình quân gia quyền, tuy có hợp lý hơn, nhưng chỉ mang tính tình thế, không giải quyết được tận gốc vấn đề, vì vẫn phát sinh chênh lệch thuế nhập khẩu giữa xây dựng và thực tế. Theo tính toán, tại 10 thương nhân đầu mối trong năm 2016 vẫn phát sinh chênh lệch hơn 1.433 tỉ đồng.
Kiểm toán Nhà nước cho rằng, việc áp dụng thuế bình quân gia quyền chưa đảm bảo cơ sở pháp lý vững chắc, cũng như tính minh bạch, rõ ràng trong quy định nên nhận định việc quy định tỷ lệ thuế nhập khẩu về một mức phù hợp là rất cần thiết, để khắc phục tồn tại trong xác định giá cơ sở và góp phần vào việc chống trốn lậu thuế.
