Theo Thanh tra Chính phủ, Bộ GTVT chưa có nghiên cứu đánh giá tổng thể, toàn diện hiện trạng giao thông để từ đó cân đối, so sánh đầy đủ trên toàn hệ thống về sự cần thiết, về lộ trình đầu tư theo từng hình thức đầu tư, trong đó có hình thức đầu tư theo hợp đồng BT, BOT.
Thanh tra Chính phủ cho rằng, Bộ GTVT coi nặng tiêu chí hoàn vốn dự án, thiếu nghiên cứu hợp lý khả năng nộp phí của người tham gia giao thông.
Chính vì vậy, các dự án đã quyết định đầu tư bằng hình thức BT, BOT hầu hết thực hiện ở những khu vực giao thông trọng yếu, có mật độ người, phương tiện tham gia giao thông lớn, đặt một số trạm thu phí có khoảng cách gần nhau bất hợp lý, giá phí cao, tăng nhanh, gây khó khăn đối với người tham gia giao thông, làm họ không có sự lựa chọn khác, điển hình là các khu vực Hà Nội, Thái Bình, Nam Định, Hưng Yên, Hoà Bình.
Cũng theo kết luận của cơ quan thanh tra, từ những bất hợp lý của các dự án BT, BOT đã làm phát sinh tình trạng người điều khiển phương tiện giao thông tìm cách tránh trạm thu phí, đi vào đường ngang, ngõ tắt, gây hư hại hệ thống giao thông địa phương và nguy cơ mất an toàn.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ còn khẳng định, việc xác định doanh thu theo phương án tài chính một số dự án thiếu chuẩn xác, doanh thu thực tế của một số dự án chênh lệch cao so với phương án tài chính sẽ là gánh nặng cho người dân và doanh nghiệp tham gia giao thông vì thời gian thu phí sẽ kéo dài.
Thanh tra Chính phủ khẳng định, phần lớn dự án đầu tư theo hình thức BOT là cải tạo nâng cấp tuyến đường cũ, từ đó dẫn đến tình trạng gia tăng, dồn tích phương tiện giao thông ở những khu vực vốn đã đông đúc, không hướng đến việc mở rộng mạng lưới, phân làn giao thông hợp lý.
Cụ thể, một số dự án như đường Hoà Lạc - Hoà Bình, cải tạo nâng cấp Quốc lộ 6 đoạn Xuân Mai - Hoà Bình, Dự án đường Thái Nguyên - Chợ Mới, Dự án nâng cấp tuyến đường Pháp Vân - Cầu Giẽ đã quyết định quy mô cấp đường đầu tư chưa phù hợp quy hoạch đã được phê duyệt.
Theo phân tích của cơ quan thanh tra, khi phê duyệt các dự án đầu tư đã ghép việc cải tạo, nâng cấp quốc lộ 6 với đầu tư xây dựng đường Hoà Lạc - Hoà Bình và ghép việc cải tạo, nâng cấp 7km quốc lộ 3 với đầu tư xây dựng mới đường Thái Nguyên - Chợ Mới thành 1 dự án, sau đó, mỗi dự án đặt 2 trạm thu phí ở 2 nơi không hợp lý.
Dự án khôi phục, cải tạo QL20 km 123+105 đến km 268 đã phê duyệt mục mua quyền khai thác trạm thu phí dự án khác, không thuộc danh mục quy định trong tổng mức đầu tư; phê duyệt chi phí giải phóng mặt bằng không sát, sai lệch lớn so với thực tế (459.844 triệu đồng/32.710 triệu đồng - vênh hơn 130 tỷ đồng)...
