Tại Điều 14 của Dự thảo quy định, người nộp thuế khi thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan thuế được sử dụng tài khoản giao dịch thuế điện tử do cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp khi thực hiện giao dịch điện tử qua Cổng thông tin giao dịch thuế điện tử để thực hiện các thủ tục hành chính thuế bằng phương thức điện tử.
Người nộp thuế được tra cứu, xem, in toàn bộ chứng từ điện tử đã gửi đến cơ quan thuế và các thông báo, quyết định cơ quan thuế gửi cho người nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế, Luật Giao dịch điện tử và các văn bản hướng dẫn bằng cách sử dụng tài khoản giao dịch thuế điện tử, hoặc sử dụng mã giao dịch điện tử được cấp theo từng lần giao dịch.
Người nộp thuế được xác nhận hoàn thành các thủ tục về thuế đã thực hiện bằng phương thức điện tử theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Một quyền rất quan trọng khác, đó là người nộp thuế được cơ quan thuế hướng dẫn, hỗ trợ trong quá trình thực hiện giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
Ngoài quy định các quyền của người nộp thuế, Dự thảo Thông tư cũng quy định trách nhiệm của người nộp thuế khi thực hiện giao dịch điện tử.
Cụ thể, khi thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan thuế, người nộp thuế có trách phối hợp với cơ quan thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan để giải quyết sai sót hoặc sự cố phát sinh (nếu có) trong quá trình thực hiện giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế.
Chịu trách nhiệm trước pháp luật về các thông tin của giao dịch điện tử phát sinh từ tài khoản giao dịch thuế điện tử đã đăng ký với cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền (bao gồm cả tài khoản chính và tài khoản phụ).
Bên cạnh đó, người nộp thuế cũng phải có trách nhiệm quản lý và sử dụng chữ ký số trên chứng từ điện tử theo đúng quy định của pháp luật, đúng phạm vi, đúng thẩm quyền và còn hiệu lực…