Tổ chức Công đoàn tỉnh Điện Biên tiền thân là Liên hiệp Công đoàn Lai Châu, được thành lập ngày 15.4.1963. Lực lượng công nhân viên chức khi đó có tổng số gần 12.000 người, với 40 Công đoàn cơ sở và 5.738 đoàn viên chủ yếu bổ sung từ miền xuôi lên.
Tháng 1.1964, Đại hội đại biểu Công đoàn tỉnh Điện Biên lần thứ nhất được triệu tập đã bầu ra Ban Chấp hành Liên hiệp Công đoàn tỉnh gồm 15 đồng chí.
Trong giai đoạn kháng chiến chống đế quốc Mỹ, đội ngũ công nhân viên chức và tổ chức công đoàn tỉnh cùng lúc thực hiện hai nhiệm vụ to lớn. Đó là cùng giai cấp công nhân và tổ chức Công đoàn Việt Nam vừa chiến đấu đánh bại chiến tranh phá hoại của giặc Mỹ, vừa tiếp tục xây dựng hậu phương miền Bắc xã hội chủ nghĩa vững mạnh.
Bước sang chặng đường từ năm 1976 – 1988, cơ cấu đội ngũ công nhân, viên chức của tổ chức đã có những thay đổi đáng kể. Hoà cùng với dòng chảy của phong trào công nhân trên cả nước, Công đoàn tỉnh Điện Biên hăng hái tham gia xây dựng và bảo vệ Tổ quốc xã hội chủ nghĩa.
Cũng trong thời kỳ này, từ giữa năm 1979, các Công đoàn huyện, thị xã ra đời. Đến năm 1980 ghi dấu với 8 Công đoàn huyện, thị xã có Ban Chấp hành chính thức.
Bước vào thời kỳ đổi mới đến nay, vượt qua những khó khăn thử thách trong sản xuất và đời sống công nhân lao động; đội ngũ công nhân và tổ chức của Công đoàn tỉnh Điện Biên không ngừng lớn mạnh và trưởng thành về mọi mặt.
Chất lượng đội ngũ lao động đã được nâng lên nhiều mặt, có trình độ lý luận chính trị, chuyên môn nghiệp vụ ngày càng cao, có khả năng thích ứng với cơ chế thị trường, tiếp cận nhanh với khoa học công nghệ tiên tiến, hiện đại.
Bên cạnh đó, công tác chăm lo đời sống cho đoàn viên, công nhân viên chức lao động cũng ngày càng được Liên đoàn lao động tỉnh triển khai thực hiện hiệu quả như: Chương trình nhà ở “Mái ấm Công đoàn” đã hỗ trợ xây dựng, sửa chữa bàn giao 09 nhà công vụ, lớp học mầm non, 213 nhà ở cho đoàn viên có hoàn cảnh khó khăn và các trường học vùng sâu, vùng xa với tổng số tiền hơn 7,5 tỉ đồng;
Chương trình “Phúc lợi đoàn viên” nhằm cung cấp các sản phẩm, dịch vụ với giá ưu đãi cho đoàn viên, người lao động khi mua các sản phẩm, dịch vụ theo thỏa thuận hợp tác mà Liên đoàn lao động tỉnh đã ký kết với các doanh nghiệp trong tỉnh.
Tính đến nay, LĐLĐ tỉnh Điện Biên đã trải qua 11 kỳ Đại hội; quản lý 10 Liên đoàn Lao động huyện, thị xã, thành phố; 3 Công đoàn ngành, Công đoàn Viên chức tỉnh với 1.043 công đoàn cơ sở; 35.770 công nhân, viên chức lao động, 34.172 đoàn viên.
Ghi nhận những kết quả đã đạt được trong 57 năm qua, LĐLĐ tỉnh Điện Biên đã được Đảng, Nhà nước, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam trao tặng nhiều phần thưởng cao quý như: Huân chương Độc lập hạng Ba, Huân chương Lao động (hạng Nhất, hạng Nhì, hạng Ba) và nhiều phần thưởng, danh hiệu cao quý khác.