Đây là quyết định khiến nhiều cầu thủ và người hâm mộ bất ngờ. Thực tế, thông tin Công Vinh có ý định chia tay TP.HCM đã có trước đó nhưng quyết định chính thức mới được công bố sau khi Lê Công Vinh ra mắt Học viện bóng đá cộng đồng CV9 vào sáng 2.5 tại TP.HCM.
Sau AFF Cup 2016, Công Vinh đã bất ngờ giải nghệ ở tuổi 31. Sau đó thay vì theo sự nghiệp HLV như bao đồng đội khác, Công Vinh bất ngờ về làm việc cho CLB TP.HCM trong vai trò Phó Chủ tịch. Thế nhưng, sau đó Công Vinh được ban lãnh đạo đội bóng giao giữ chức quyền Chủ tịch.
Ngay ở mùa giải đầu tiên TPHCM lên chơi V.League sau khi lên hạng, Lê Công Vinh đã thực hiện hàng loạt sự cải tổ mạnh mẽ của mình về mặt nhân sự từ ban huấn luyện đến các cầu thủ. Công Vinh đưa về sân Thống Nhất.
HLV Alain Fiard từng làm việc tại giải VĐQG Pháp (Ligue 1) thay thế HLV Lư Đình Tuấn. Bên cạnh đó, cựu tuyển thủ QG cũng mang về hàng loạt các tân binh chất lượng để thi đấu V.League. Công Vinh cũng gây chú ý khi cải tạo phòng thay đồ chất lượng "5 sao" và làm mới nhà vệ sinh, tạo ấn tượng khi trực tiếp bán vé cho CĐV và trở thành vị Chủ tịch đặc biệt của V.League khi sau mỗi trận đấu cùng cầu thủ chạy vòng quanh sân tri ân khán giả, xin lỗi nếu thất bại hay chơi không tốt.
Ở mùa giải đầu tiên tại V.League, TP.HCM đã kết thúc ở vị trí thứ 12 và trụ hạng thành công.
Đến mùa giải 2018, Công Vinh tiếp tục đưa ra chủ trương cải tổ mạnh mẽ, nâng tầm CLB TPHCM để vươn tới những tham vọng lớn hơn. Quyền Chủ tịch CLB TP.HCM đã thuyết phục thành công cựu HLV trưởng ĐT Việt Nam Miura về dẫn dắt đội bóng. Bên cạnh đó, Công Vinh cũng thay máu nhân sự khi đưa hàng loạt tuyển thủ và cựu tuyển thủ quốc gia về sân Thống Nhất. Ban huấn luyện đều là thành phần từng làm việc ở ĐTQG. Tham vọng mà Công Vinh và người thầy Miura đưa ra là giúp TP.HCM nằm trong top đầu V.League và hướng tới vô địch ở những mùa giải tiếp theo.
Sau 6 vòng đấu đầu tiên, TP.HCM đang xếp thứ 4 với 9 điểm. Đây là vị trí khiến BHL tạm hài lòng khi mùa giải vừa mới bắt đầu. Tuy nhiên, việc Lê Công Vinh bất ngờ chia tay đội bóng khiến nhiều người sốc. Lý do được Lê Công Vinh đưa ra là sau một thời gian làm việc, bản thân nhận thấy mọi thứ đang không đi theo đúng như mục đích, định hướng đã được thoả thuận ban đầu với lãnh đạo đội bóng. Khi tất cả không còn nhìn về một hướng, anh đã quyết định chia tay.
Hiện tại, Lê Công Vinh cũng là một trong những ứng viên tham gia tranh cử tại Đại hội VFF khóa VIII. Nếu trúng cử, anh cũng sẽ tiến sâu hơn một bước trong sự nghiệp quản lý bóng đá của mình.