Thực hiện Kết luận của Thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống tham nhũng và Thường vụ Quân ủy Trung ương, ngày 22.11.2018, Cơ quan Điều tra Hình sự Bộ Quốc phòng đã ra Quyết định khởi tố vụ án số 04/QĐ-KTV về tội “vi phạm các quy định về quản lý đất đai” theo Điều 229 Bộ luật Hình sự năm 2015; Quyết định khởi tố bị can số 09/QĐ-KTBC; Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú số 07/L-CĐKNCT, Lệnh khám xét nơi ở số 08/L-KX đối với bị can Bùi Văn Nga; Quyết định khởi tố bị can số 11/QĐ-KTBC, Lệnh bắt bị can để tạm giam số 06/LBBC-ĐTG, Lệnh tạm giam số 06/L-TG thời hạn 04 tháng và Lệnh khám xét nơi ở, nơi làm việc số 09, 10, 11/L-KX đối với Trần Trọng Tuấn; Quyết định khởi tố bị can số 12/QĐ-KTBC, Lệnh bắt bị can để tạm giam số 07/LBBC-ĐTG, Lệnh tạm giam số 07/L-TG thời hạn 04 tháng, Lệnh khám xét nơi ở và nơi làm việc số 12, 13/L-KX đối với bị can Vũ Thị Hoan.
Ngày 23.11.2018, Cơ quan Điều tra hình sự Bộ Quốc phòng đã thực hiện xong các quyết định và lệnh bắt tạm giam bị can: Đại tá Trần Trọng Tuấn, Phó Giám đốc Công ty Hải Thành/Quân chủng Hải quân và Vũ Thị Hoan, nguyên Giám đốc Công ty TNHH Yên Khánh, Giám đốc Công ty cổ phần Yên Khánh - Hải Thành; riêng bị can Đại tá Bùi Văn Nga, nguyên Giám đốc Công ty Hải Thành/Quân chủng Hải quân, do mắc bệnh ung thư trực tràng đã phẫu thuật đang trong giai đoạn điều trị tích cực, Cơ quan Điều tra hình sự áp dụng biện pháp cấm đi khỏi nơi cư trú. Cơ quan Điều tra đã tiến hành khám xét nơi ở, nơi làm việc, thu giữ tài liệu, xác minh tài khoản ngân hàng, phong tỏa tài sản của các đối tượng để phục vụ điều tra, xét xử.
Thường vụ Quân ủy Trung ương, Thủ trưởng Bộ Quốc phòng yêu cầu các cơ quan tư pháp đẩy nhanh tiến độ điều tra, làm rõ các sai phạm và trách nhiệm của tổ chức, cá nhân liên quan, ban hành cáo trạng truy tố, đưa ra xét xử công minh, chính xác, kịp thời, đúng pháp luật, không có “vùng cấm”, không có ngoại lệ.
