Giai đoạn từ tháng 10.1973 đến tháng 5.2010, ông Chánh kiêm qua nhiều chức vụ tại các đơn vị khác nhau, như: Phó Chủ nhiệm Chính trị, Chủ nhiệm Chính trị, Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Cần Thơ; Đảng ủy viên, Thường vụ Đảng ủy Quân sự tỉnh, cấp bậc Trung tá - Thượng tá; Chính ủy Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Hậu Giang; Phó Bí thư Đảng ủy Quân sự tỉnh; Tỉnh ủy viên, Thường vụ Tỉnh ủy…
Từ tháng 6 đến tháng 12.2010, ông Chánh giữ chức Phó Bí thư Tỉnh ủy Hậu Giang. Từ tháng 12.2010 đến 10.2015, giữ chức Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang.
Sau đó, ông Chánh được Bộ Chính trị ra quyết định chuẩn y giữ chức Bí thư Tỉnh ủy thay cho ông Huỳnh Minh Chắc.
Tại Đại hội đại biểu Đảng bộ tỉnh Hậu Giang lần thứ XIII nhiệm kỳ 2015-2020, diễn ra vào tháng 10.2015, ông Trần Công Chánh tái đắc cử Bí thư Tỉnh ủy Hậu Giang, và giữ chức vụ này cho đến nay.
Cuối năm 2016, ông Chánh bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương thi hành kỷ luật với hình thức khiển trách. Cụ thể, trên cương vị là Phó bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang nhiệm kỳ 2010-2015, có phần trách nhiệm với các khuyết điểm, vi phạm trong việc đề nghị tiếp nhận Trịnh Xuân Thanh từ Bộ Công thương về làm Phó chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang và tham gia Ban chấp hành Đảng bộ tỉnh; sai phạm trong việc chỉ đạo Công an tỉnh cấp biển số xe công cho xe tư nhân để Trịnh Xuân Thanh lưu thông trái quy định; Là Bí thư Tỉnh ủy nhiệm kỳ 2015-2020, với trách nhiệm là người đứng đầu, đã buông lỏng lãnh đạo, thực hiện chưa nghiêm nguyên tắc tập trung dân chủ trong sinh hoạt của Ban chấp hành Đảng bộ tỉnh.
Hậu Giang được chia tách với TP. Cần Thơ vào năm 2004, đến nay vẫn là một tỉnh nghèo. Ông Chánh xác định, công nhân lao động là tiền đề cho sự phát triển của doanh nghiệp, thúc đẩy sự đi lên của địa phương, chính vì vậy, việc chăm lo cho nhóm đối tượng này có ý nghĩa đặc biệt quan trọng.
Tháng 5 vừa qua, ông Chánh đã trực tiếp gặp gỡ, lắng nghe và trả lời đối thoại với trên 200 công nhân lao động đại diện cho hơn 48.000 công nhân lao động đang trực tiếp sản xuất trên địa bàn tỉnh trong hoạt động "Tháng Công nhân" 2017. Tại đây, ông Chánh đã ghi nhận những vấn đề bức thiết được công nhân lao động đặt ra và yêu cầu các cơ quan chức năng sớm thực hiện những đề nghị chính đáng của CN, đáp ứng nguyện vọng, tâm tư của người lao động…
Gần đây, Ông Chánh có đơn xin được thôi nhiệm vụ giữ chức Bí thư Tỉnh ủy, nghỉ hưu sớm để có thời gian phụng dưỡng mẹ già, chăm lo gia đình. Tuy nhiên, nguyện vọng này chưa được cấp Trung ương đồng ý…
