UBND TP Nha Trang yêu cầu trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày lập biên bản vi phạm hành chính, Công ty phải làm thủ tục đề nghị cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép xây dựng. Hết thời hạn này sẽ bị áp dụng biện pháp buộc tháo dỡ công trình vi phạm theo quy định.
Theo Sở Xây dựng, Công ty CP biển Hòn Tằm Nha Trang đã tự ý san ủi mặt bằng và xây dựng các hạng mục công trình bê tông cốt thép tại dự án Khu du lịch đảo Hòn Tằm không có giấy phép xây dựng và không có trong Quy hoạch chi tiết 1/500 của Khu du lịch đảo Hòn Tằm được UBND tỉnh Khánh Hòa cho phép điều chỉnh năm 2018.
Báo cáo của Ban Quản lý vịnh Nha Trang vào cuối tháng 12.2019 cho biết, qua lặn kiểm tra dưới đáy biển, Ban Quản lý vịnh Nha Trang phát hiện đất, đá trong quá trình san lấp đã tràn xuống biển ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái khu vực này; đặc biệt là hệ sinh thái rạn san hô bị hủy hoại, khó có khả năng phục hồi nguyên trạng ban đầu.
Một lượng bùn đất không nhỏ theo dòng chảy tràn ra các khu vực xung quanh có nguy cơ ô nhiễm cục bộ tại khu vực vùng nước sát bờ phía tây nam đảo Hòn Tằm.