"Bão ngầm" kể về hành trình điều tra của Đại úy Đào Hải Triều (Hà Việt Dũng) cùng các trinh sát trong việc điều tra phá án đường dây ma túy xuyên quốc gia.
Bắt đầu từ việc bắt giữ vụ vận chuyển ma túy lớn trên đèo Mũi Ngựa, những sự thật về các tổ chức tội phạm xuyên quốc gia đã dần được bóc dỡ, vạch trần bộ mặt thật của tên trùm mafia ẩn trong một tập đoàn kinh tế lớn.
Đan xen giữa cảnh phá án của các trinh sát trong phim là mối tình tay ba của Hạ Lam, Hải Triều và bác sĩ Hùng. Cô từng yêu Hải Triều và từng có chuyện tình đẹp với nam trinh sát.
Tuy nhiên, khi Hạ Lam được cử làm nội gián tiếp cận trùm ma túy Quách Đại Đức và em trai của hắn là bác sĩ Hùng, cô đã dần thay đổi.
Hạ Lam chuyển từ tình cảm dành cho Hải Triều sang bác sĩ Hùng. Thậm chí, đôi lúc cô còn quên mình là một trinh sát mà đem lòng yêu bác sĩ Hùng say đắm.
Sau đó, Hạ Lam có thai với bác sĩ Hùng. Điều này khiến các trinh sát tiếc nuối vì cô đã không hoàn thành nhiệm vụ và còn tiếc cho tương lai cuộc đời của cô sẽ mờ mịt.
Bởi bác sĩ Hùng sẽ bị tội đồng phạm với anh của hắn là Đức. Chính vì thế, nếu Hạ Lam cưới bác sĩ Hùng, cô cũng không có cái kết đẹp.
Trong tập mới của phim, Hạ Lam còn nhận ra bộ mặt thật của bác sĩ Hùng. Bởi trong tình thế nguy hiểm, bác sĩ Hùng dí súng vào Hạ Lam để bắt cô làm con tin. Điều này khiến nữ trinh sát sốc bởi bác sĩ Hùng chính là chồng sắp cưới của cô.
Có thể ở phân cảnh này, Hạ Lam sẽ tỉnh mộng. Chưa biết Hạ Lam có nguy hiểm tính mạng hay không, tuy nhiên những diễn biến cho thấy Hạ Lam sẽ thất vọng, thậm chí là từ bỏ cuộc hôn nhân với bác sĩ Hùng nếu cô thoát khỏi vòng vây.
Những bức ảnh hậu trường phim tập cuối cho thấy, rất có thể Hạ Lam sẽ chọn làm mẹ đơn thân, rời xa gia đình của bác sĩ Hùng. Thậm chí rất có thể, cô sẽ từ bỏ nghề trinh sát, sống ẩn cư.
Như vậy, cuộc đời của nữ trinh sát Hạ Lam, có thể vừa đáng thương, vừa đáng trách. Cô quá bồng bột khi yêu một người không nên yêu. Theo ê-kíp phim, việc tạo ra một trinh sát Hạ Lam như vậy là phản ánh sự thật về công việc của một chiến sĩ cảnh sát. Họ có hỉ nổ ái ố, có thể sa ngã, có yếu lòng. Và trong bất kỳ nghề nghiệp nào, cũng có lúc thành công, lúc thất bại. Đoàn phim không muốn tô hồng nghề cảnh sát.