Ghi nhận tâm huyết của PGS với tiếng Việt, tuy nhiên TS Trịnh Thị Tuyết cho rằng đề xuất cải tiến chữ viết của ông đang có nhiều bất cập, gây ra phản ứng tiêu cực trong cộng đồng.
Bất cập đầu tiên là sự bất ổn trong cách đặt vấn đề. PGS Bùi Hiền cho rằng đề xuất của mình sẽ giải quyết, khắc phục tình trạng viết sai chính tả bằng cách xoá bỏ ranh giới đúng - sai của các phụ âm. Dùng tiếng thủ đô Hà Nội làm cơ sở ngữ âm cho việc xác định danh mục chữ cái tiếng Việt. Tuy nhiên, tiếng của Hà Nội về cơ bản không phân biệt r/d; s/x; ch/tr... sẽ không thể đại diện cho cách phát âm của người Việt nói chung.
Bất cập thứ hai theo TS Trịnh Thị Tuyết, tiếng nói có trước, chữ viết có sau để ghi âm tiếng nói. Vậy chữ phải thể hiện được đầy đủ các sắc độ tinh tế của tiếng nói, không thể xoá nhoà và đồng nhất các sắc độ ấy, không thể thay đổi chính âm và buộc người sử dụng ngôn ngữ chạy theo chính tả khi đồng nhất x/s; ch/tr; r/d...
Một trong những vẻ đẹp của tiếng Việt chính là sự phong phú, uyển chuyển tinh tế của ngữ âm. Ngữ âm được hình thành chủ yếu bởi thanh điệu, vần điệu, âm điệu, những yếu tố được cấu tạo trước hết bằng hệ thống phụ âm và nguyên âm! Sự khác nhau giữa các phụ âm r - d, ch - tr, x - s... tạo nên sắc điệu tinh tế cho các âm tiết khi phát âm.
Thứ ba, sau yếu tố ngữ âm là yếu tố từ vựng. Nghĩa biểu đạt của từ vựng liên quan chặt chẽ tới chữ viết. Nếu xoá nhoà ranh giới của ch/tr, s/x, r/d... sẽ xuất hiện những yêu tố đồng âm khác nghĩa rất phức tạp trong tiếng Việt.
Thứ tư, nguyên tắc PGS đưa ra để cải tiến tiếng Việt là mỗi âm vị chỉ ghi bằng một chữ cái (ký tự). Tuy nhiên, cách khắc phục của PGS lại nảy sinh một số vấn đề mới như sau: Sẽ có trường hợp một chữ phải gánh trong nó nhiều âm. Ví dụ: C phải hàm chứa hai âm tr và ch; z hàm chứa r, d và gi. Bất cập đó dẫn tới sự tự loại bỏ một bộ phận âm vị không chỉ làm mất đi tính nhạc phong phú, đặc sắc trong tiếng Việt mà còn dẫn tới những đồng âm rất khó phân biệt.
Thứ năm, đề xuất cắt một nét của chữ "n", ghép liền với chữ "h" để ghi âm "nhờ" (nh) là đề xuất rất khó thuyết phục cả về tính khoa học lẫn thẩm mỹ.
Bất cập thứ 6 theo TS Tuyết là sự cải tiến đồng bộ chữ viết Tiếng Việt sẽ tạo ra sự đứt đoạn của một giai đoạn văn hoá dân tộc. PGS Bùi Hiền nói không cần in lại toàn bộ sách báo, ấn phẩm, sách giáo khoa, hợp đồng kinh tế, giấy tờ... vì cho rằng những người biết quốc ngữ vẫn yên tâm sử dụng tất cả thứ đó tới hết đời.
TS Tuyết đặt câu hỏi: Vậy nếu đề xuất này được thực hiện, những thế hệ con cháu chúng ta sẽ tiếp nhận di sản văn hoá sử dụng chữ quốc ngữ hiện tại như thế nào nếu không biết đồng thời hai hệ thống ngôn ngữ?”.
