Dự án đường sắt đô thị Nhổn - ga Hà Nội do Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội làm chủ đầu tư, tư vấn thực hiện là Công ty Systra (Pháp). Quy mô toàn tuyến dài 12,5km, trong đó trên cao 8,5km, đi ngầm 4km; điểm đầu là Nhổn, điểm cuối là ga Hà Nội. Tổng mức đầu tư điều chỉnh theo Quyết định 4007.2013 của UBND TP Hà Nội là 1.176 triệu euro; thời gian thực hiện dự án điều chỉnh đến năm 2018.
Năm 2014, Thủ tướng Chính phủ có quyết định phê duyệt điều chỉnh danh mục dự án với tổng mức đầu tư 1.176 triệu euro.
Sau thời gian thực hiện, nhiều đơn thư tố cáo về việc thực hiện dự án này. Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình cũng đã chỉ đạo cần làm rõ nội dung tố cáo.
Qua quá trình thanh tra, kết luận thanh tra cho biết, tháng 3.2007, Thủ tướng Chính phủ có văn bản đồng ý về nguyên tắc việc chỉ định Công ty Systra thực hiện gói thầu dịch vụ tư vấn thực hiện dự án. Ngay khi được triển khai dự án đã nảy sinh các tồn tại, bất cập, bất hợp lý làm phát sinh những vướng mắc giữa các bên.
Hợp đồng trọn gói có nhiều nội dung không rõ ràng, dẫn đến các cách hiểu khác nhau giữa các bên. Hợp đồng xác định thời gian 25 tháng với tổng giá trị trên 10,6 triệu euro là không khả thi, khó đáp ứng và chưa lường hết được tính phức tạp khi thực hiện dự án.
Về phía Systra, đây là lần đầu tiên tư vấn thực hiện dự án tuyến tàu điện ngầm ở Việt Nam nên còn nhiều lúng túng, chưa hiểu hết các quy định của luật pháp Việt Nam, dẫn đến mất nhiều thời gian để hai bên đi đến thống nhất cho từng nội dung, từng hạng mục.
Phía Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội chưa có đội ngũ chuyên gia với chuyên môn tầm quốc tế, có đủ năng lực để xem xét và phê duyệt, thường xuyên phải tham khảo, lấy ý kiến các cấp, các ngành dẫn đến làm chậm tiến độ dự án, tăng chi phí do kéo dài thời gian.
Thanh tra Chính phủ nhận định việc tư vấn Systra tự kê khai thời gian chậm trễ, kéo dài làm căn cứ để tính tiền, trong đó có xác định lỗi của các bên, nhưng Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội chưa kiểm tra đã thanh toán tiền cho tư vấn theo bảng kê của tư vấn là thiếu cơ sở. Điều này cần phải được rà soát lại để xác định lỗi bên nào thì bên đó phải chịu trách nhiệm đối trừ theo quy định của pháp luật.
Nhận định việc điều chỉnh hợp đồng trọn gói tăng thêm trên 6,5 triệu euro là chưa đúng quy định nhưng Thanh tra Chính phủ đánh giá, thực tế việc phân chia từ 4 gói thầu lớn ban đầu thành 9 gói thầu nhỏ hiện nay có phát sinh một số công việc phải tăng thêm. Hơn nữa do các nguyên nhân chủ quan và khách quan dẫn đến chậm trễ và kéo dài, theo đó phải bổ sung chi phí.
