Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia; phê duyệt Quy chế tổ chức và hoạt động của Trung tâm; quyết định thành lập và phê duyệt Quy chế hoạt động của Hội đồng quản lý của Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư vận động, quản lý và sử dụng các nguồn lực hợp pháp của các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài phục vụ hoạt động của Trung tâm theo quy định của pháp luật. Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính rà soát, kiến nghị cấp có thẩm quyền việc sử dụng những khoản viện trợ đã huy động được nhằm phục vụ mục tiêu xây dựng và hoạt động của Trung tâm.
Bộ Khoa học và Công nghệ chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư chỉ đạo Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc hỗ trợ hoàn tất các thủ tục triển khai đầu tư xây dựng và hoạt động của Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia tại Khu công nghệ cao Hòa Lạc.
Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư rà soát, có văn bản hướng dẫn việc quản lý và sử dụng tài khoản viện trợ cho Trung tâm theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia có tên giao dịch quốc tế là Vietnam National Innovation Center (NIC). Trung tâm hoạt động theo cơ chế tự chủ theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia là đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực sự nghiệp kinh tế tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư, trực thuộc Bộ Kế hoạch và Đầu tư nhằm thực hiện hỗ trợ, phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo, góp phần đổi mới mô hình tăng trưởng trên nền tảng phát triển khoa học và công nghệ.
