TTXVN dẫn Kết luận thanh tra cho thấy: Hầu hết các dự án ở giai đoạn này, liên ngành Hà Nội đã trình UBND TP khi xác định giá tiền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư, trong đó tổng chi phí phát triển dự án đã đưa vào một số khoản chi không đúng quy định của pháp luật như chi phí dự phòng, thuế VAT, chi phí giải phóng mặt bằng… để giảm trừ, dẫn đến chủ đầu tư được hưởng lợi về kinh tế, trong khi ngân sách Nhà nước bị thất thu số tiền lớn, ước khoảng 6 nghìn tỷ đồng.
Cũng theo Kết luận thanh tra, theo quy định tại Quyết định số 123 năm 2001, Quyết định số 76 năm 2004, Quyết định số 87 năm 2004 của UBND thành phố, chủ đầu tư các dự án khu nhà ở, khu đô thị phải thực hiện nghĩa vụ nộp 20% quỹ đất ở hoặc 30% quỹ nhà ở để bổ sung vào quỹ nhà ở của TP (không hoàn trả tiền đầu tư hạ tầng).
Tuy nhiên, quá trình thực hiện, phần lớn các dự án được Thành phố cho phép cơ chế nộp tiền (phần tiền chênh lệch giữa giá bán kinh doanh so với giá thành xây dựng). Có trường hợp Thành phố còn bỏ tiền ra mua lại số căn hộ thuộc 30% quỹ nhà mà chủ đầu tư phải có nghĩa vụ trích nộp cho Thành phố.
Tại một số dự án, UBND thành phố ban hành quyết định về nghĩa vụ trích nộp quỹ nhà ở, quỹ đất ở còn thiếu; thậm chí một số dự án không phải trích nộp, hoặc quỹ đất 20% được giao lại để xây dựng nhà bán, gây nên sự bất bình đẳng giữa các nhà đầu tư.
Theo Kết luận thanh tra, việc quản lý và sử dụng quỹ nhà ở, quỹ đất ở thu được từ các dự án đã biểu hiện sự buông lỏng quản lý, xảy ra nhiều sai phạm, nhiều bất cập. Đến thời điểm thanh tra vẫn còn nhiều chủ đầu tư chưa nộp tiền vào ngân sách Nhà nước khi được UBND thành phố cho cơ chế nộp tiền thay vì nộp hiện vật (nhà đất); chưa thực hiện việc bàn giao diện tích quỹ nhà cho thành phố.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị TP cần tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của tập thể, cá nhân qua các thời kỳ; căn cứ vào kết quả kiểm điểm, có biện pháp xử lý đối với những tập thể, cá nhân trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao. Đối với những hành vi nếu có dấu hiệu cấu thành tội phạm, yêu cầu chuyển cơ quan điều tra xem xét, xử lý.
Về xử lý kinh tế số tiền sai phạm phát hiện qua thanh tra, Thanh tra Chính phủ kiến nghị, Hà Nội kiểm tra, xem xét, xử lý thu hồi về ngân sách thành phố hơn 509 tỷ đồng; thu hồi số tiền hơn 1.053 tỷ đồng vào tài khoản tạm giữ của Thanh tra Chính phủ.