Kiểm toán nhà nước tổng hợp kết quả kiểm toán của 283 báo cáo kiểm toán tại 229 đơn vị, đầu mối, chủ đề được kiểm toán trong năm 2017 đối với niên độ ngân sách năm 2016 để trình báo cáo Quốc hội. Theo đó, về thu ngân sách, quyết toán thu NSNN 1.107.381 tỷ đồng, vượt 9,2% (92.881 tỷ đồng) dự toán (chủ yếu do tăng thu từ tiền sử dụng đất 49.619 tỷ đồng; lợi nhuận, cổ tức được chia cho phần vốn nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp 19.346 tỷ đồng), trong đó: Thu nội địa từ sản xuất, kinh doanh 762.998 tỷ đồng, vượt 5,6% (40.662 tỷ đồng) dự toán; thu cân đối ngân sách từ hoạt động XNK đạt 172.026 tỷ đồng, bằng 100% dự toán (172.000 tỷ đồng).
Qua kiểm toán cho thấy vẫn còn tình trạng người nộp thuế hạch toán và kê khai thiếu doanh thu, xác định sai chi phí, từ đó tính thiếu thuế GTGT, thuế TNDN và lợi nhuận còn lại phải nộp NSNN… vẫn diễn ra khá phổ biến. Kết quả kiểm toán, KTNN xác định số phải nộp NSNN tăng thêm 19.109 tỷ đồng, trong đó một số đơn vị có kiến nghị nộp NSNN lớn như: Tổng công ty cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Sài Gòn (Sabeco) 2.668 tỷ đồng; Tổng công ty Cổ phần Bia - Rượu - Nước giải khát Hà Nội (Habeco) 1.852 tỷ đồng; Tổng công ty Cảng Hàng không Việt Nam 1.753 tỷ đồng; Tập đoàn Hóa chất Việt Nam 255 tỷ đồng…, đặc biệt qua đối chiếu thuế 2.497 doanh nghiệp ngoài quốc doanh tại 47 địa phương, KTNN xác định nộp NSNN tăng thêm 1.351 tỷ đồng tại 2.344 doanh nghiệp và kiến nghị cơ quan Thuế kiểm tra, làm rõ để truy thu 446 tỷ đồng.
Về chi ngân sách, dự toán chi NSNN 1.273.433 tỷ đồng, quyết toán 1.295.061 tỷ đồng, vượt 1,7% dự toán (21.628 tỷ đồng). Về quản lý nợ thuế do ngành thuế quản lý: Tổng số nợ thuế đến ngày 31.12.2016 là 81.978,4 tỷ đồng, tăng 3,4% (2.702,2 tỷ đồng) so với cùng kỳ năm 2015, trong đó: Nợ có khả năng thu giảm 9,8% (5.568,1 tỷ đồng); Nợ chờ xử lý tăng 60,7% (1.773,8 tỷ đồng), chủ yếu tăng do các khoản nợ liên quan đến đất còn vướng mắc về cơ chế, chính sách như giải phóng mặt bằng, thay đổi thiết kế dự án... chưa được các cơ quan liên quan giải quyết; Nợ khó thu tăng 34% (6.496,4 tỷ đồng), 54/63 các địa phương có mức dư nợ khó thu tăng, trong đó một số địa phương có số dư nợ khó thu tăng cao.
