Trong đó, “Nghiên cứu các giá trị về văn hóa, lịch sử quần thể di tích và danh thắng Yên Tử” do Hội Khảo cổ học Việt Nam chủ trì thực hiện, với tổng kinh phí 10,15 tỉ đồng – đều là nguồn ngân sách. Dự án này nhằm xác định rõ các giá trị tiêu biểu về lịch sử, văn hoá, tôn giáo, tín ngưỡng của quần thể di tích và danh thắng Yên Tử, làm cơ sở vững chắc cho việc bảo tồn và phát huy giá trị di sản.
Trong vòng 24 tháng, bắt đầu từ tháng 5.2021, các chuyên gia, nhà khoa học sẽ thu thập, tổng hợp tài liệu hiện có về lịch sử, văn hóa, tôn giáo tín ngưỡng và dấu tích khảo cổ học, di vật tại 4 khu di tích thuộc phạm vi 3 tỉnh: Quảng Ninh, Bắc Giang và Hải Dương.
Điều tra, khảo sát, nghiên cứu thực địa các di tích khảo cổ học, di vật tại 4 khu di tích và một số di tích liên quan thuộc phạm vi 3 tỉnh; khai quật mới tại 3 điểm di tích nhằm làm sáng tỏ giá trị của hệ thống di tích trên địa bàn 3 tỉnh.
Điều tra, khảo sát, nghiên cứu bổ sung về lịch sử, Phật giáo và giá trị văn hóa phi vật thể tại 4 khu di tích thuộc phạm vi 3 tỉnh trên; nghiên cứu, đề xuất giải pháp về chiến lược quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị văn hoá, lịch sử, tôn giáo tín ngưỡng quần thể di tích và danh thắng Yên Tử.
Trong khi đó, dự án “Nghiên cứu hệ thống di tích kiến trúc cảnh quan tại quần thể di tích danh thắng Yên Tử”, có tổng kinh phí 5,85 tỉ đồng – cũng từ nguồn ngân sách, thời gian thực hiện 24 tháng, bắt đầu từ tháng 4.2021, do Viện Bảo Tồn Di tích - Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ trì thực hiện. Mục tiêu là nhằm xác định các đặc điểm cơ bản và hệ giá trị tiêu biểu của hệ thống di tích kiến trúc tại quần thể di tích và danh thắng Yên Tử, làm cơ sở vững chắc cho việc bảo tồn và phát huy giá trị di sản.
Công việc bao gồm: Phân loại, hệ thống hoá, đánh giá giá trị các di tích kiến trúc cảnh quan tại quần thể di tích và danh thắng Yên Tử; thực trạng công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị các di tích kiến trúc cảnh quan trong quần thể. Đánh giá các nguy cơ tác động tới các di tích kiến trúc; đề xuất xây dựng chiến lược tổng thể quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị quần thể di tích danh thắng Yên Tử.