Để cho năng suất cao hơn cũng như hương vị đạt, cứ đến vụ tỏi mới người dân trên đảo buộc phải cải tạo đất, cào hết lớp cát cũ thay vào đó là phủ lên bề mặt một lớp cát mới.
Từ đó, người dân tự ý lấy cát từ khu vực biển ở ngoài rìa của huyện đảo Lý Sơn, đưa lên bè và chở vào khu vực bờ phía tây của vũng neo đậu đổ xuống lại để dễ dàng hơn trong việc bơm hút, tập kết lên bờ, dẫn đến một số lượng cát tồn đọng và bồi lắng lại ở lòng vũng neo đậu.
Tuy nhiên từ nhiều năm qua, nguồn cát ven bờ biển trên đảo cạn kiệt nên nhiều người đã dùng bè ra biển cách bờ chừng vài trăm mét để hút cát. Khi cát đã đầy, họ kéo bè chạy vào bờ và cho cát xuống biển, rồi sau đó mới hút cát lên trên bờ để bán. Song, hiện tại nguồn cát biển gần bờ cũng không còn, một số cá nhân đã ngang nhiên hút cát ở từ khu vực biển ở ngoài rìa của đảo để hút lên, rồi đưa vào để sử dụng.
Theo tính toán của Phòng Kinh tế - hạ tầng và nông thôn huyện Lý Sơn, mỗi năm nông dân trồng tỏi trên đảo cần khoảng 1 triệu m3 cát để cải tạo hơn 300ha đất trồng tỏi.
Theo thống kê sơ bộ, có khoảng 10 nhóm và cá nhân ở địa phương tham gia làm bè lấy cát. Trong khi phải tốn nhiều công sức, chi phí và thời gian để xử lý tình trạng bồi lắng ở khu vực vũng neo đậu, thì hoạt động theo phương thức trên của các bè lấy cát đã làm cho kết quả nạo vét có nguy cơ suy giảm đáng kể và ảnh hưởng tiến độ thực hiện dự án.
Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi Đặng Văn Minh đã chỉ đạo, giao trách nhiệm cho chính quyền Lý Sơn và Ban quản lý Vũng neo đậu tàu thuyền Lý Sơn khẩn cấp chấn chỉnh ngay tình trạng này, tạm thời cử lực lượng chốt ngay tại cửa của vũng neo đậu, không cho số bè chở cát vào khu vực đang thi công để đổ cát xuống bơm, hút lên bờ tập kết.
Chính quyền huyện Lý Sơn đã yêu cầu các tổ chức, cá nhân trên địa bàn nếu có nhu cầu khai thác cát để phục vụ trồng tỏi, phải làm hồ sơ trình cơ quan chức năng và cấp thẩm quyền tỉnh phê duyệt, cấp phép. Các trường hợp khai thác trái phép sẽ bị xử lý nghiêm khắc theo quy định pháp luật.