Theo văn bản, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã nhận được một số ý kiến của các Đại biểu Quốc hội và chuyên gia đề nghị điều chuyển Tổng công ty Đường sắt Việt Nam từ Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp về trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải quản lý để nâng cao hiệu quả hoạt động và vận hành đơn vị này.
Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Bộ Giao thông Vận tải và Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp đánh giá toàn diện những ưu điểm và nhược điểm của đề xuất này, báo cáo Thủ tướng Chính phủ phương án sắp xếp vào đầu tháng 3.2020.
Tháng 11.2018, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam được chuyển giao quyền đại diện phần vốn Nhà nước tại doanh nghiệp từ Bộ Giao thông Vận tải về Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp.
Theo Chủ tịch Hội đồng thành viên Tổng công ty Đường sắt Việt Nam ông Vũ Anh Minh, sau khi chuyển giao Tổng công ty gặp nhiều khó khăn trong quản lý, bảo trì hạ tầng đường sắt. Do Tổng công ty không còn là đơn vị trực thuộc Bộ Giao thông nên theo Luật Ngân sách sẽ không được giao quản lý, thực hiện vốn bảo trì nữa. Trong khi đó, Tổng công ty có cả bộ máy, nhân lực vốn vẫn đang thực hiện tốt nhiệm vụ này.
Cùng đó, việc giao quản lý vốn bảo trì không chỉ thực hiện mục tiêu bảo trì, duy tu kết cấu hạ tầng đường sắt mà còn bao gồm cả công tác tuần gác đảm bảo an toàn giao thông đường sắt như tuần đường, gác chắn. Đồng thời cũng không được giao nhiệm vụ quản lý vốn các dự án đầu tư mới hay sửa chữa, nâng cấp hạ tầng đường sắt như trước. Nên việc điều hành của Tổng công ty đến các đơn vị quản lý dự án, nhà thầu khó khăn trong đảm bảo an toàn, chạy tàu thông suốt.