Hội nghị Ban chấp hành VFF lần thứ 6, khoá 8 đã chính thức thông qua phương án tổ chức các giải bóng đá chuyên nghiệp quốc gia 2020. Cụ thể, 11 vòng đấu của lượt đi chưa diễn ra vẫn đá theo kế hoạch ban đầu. Dựa vào kết quả của giai đoạn 1, V.League 2020 sẽ chia làm 2 nhóm để tiếp tục thi đấu ở giai đoạn 2, gồm 8 đội đứng đầu và 6 đội đứng cuối.
Nhóm đầu đá vòng tròn 1 lượt tranh ngôi vô địch, nhóm cuối xác định suất xuống hạng. Và kết quả của giai đoạn 1 chỉ được dùng để xếp hạng, không tính tiếp cho giai đoạn 2.
Với thể thức mới sẽ giảm được 7 vòng đấu so với phương án tổ chức ban đầu là đá lượt đi - lượt về, giúp giải đấu sẽ kết thúc vào tháng 10 để nhường chỗ cho đội tuyển Việt Nam đá vòng loại World Cup 2022 và AFF Cup 2020. Đây được xem là một sự "hy sinh" khá hợp lý trong bối cảnh mà bóng đá Việt Nam đang chịu ảnh hưởng của dịch COVID-19.
Tuy nhiên, một điểm cộng của thể thức thi đấu mới này được chỉ ra là có thể hạn chế phần nào những hiện tượng tiêu cực kiểu nhường điểm.
Theo quan điểm của Tổng Thư ký VFF Lê Hoài Anh, các đội bóng sẽ phải thi đấu hết sức để giành được nhiều điểm số nhất ở giai đoạn 1, tránh trường hợp có đội thi đấu không hết khả năng khi đã đủ điểm vào nhóm A. Với thể thức thi đấu như vậy sẽ nâng cao tính cạnh tranh, sự hấp dẫn của giải đấu, đồng thời ngăn ngừa tiêu cực có thể xảy ra.
Mỗi phương án đều có những ưu, nhược điểm chứ không có sự tuyệt đối nào và thay đổi của V.League có thể xem là phương án tối ưu trong bối cảnh ảnh hưởng của dịch bệnh.
Theo thể thức cũ trước đây, nhiều đội bóng khi đã đủ điểm trụ hạng, hoặc ở vị trí không thể cạnh tranh chức vô địch thường giảm động lực thi đấu các vòng cuối. Chính vì thế mà ban tổ chức cũng khó kiểm soát được thái độ "thi đấu thiếu tích cực". Nhìn vào lượng khán giả đến sân cuối mùa giải cũng có thể thấy được sự khác biệt. Tâm điểm của sự chú ý sẽ chỉ dồn cho các đội nhóm cạnh tranh vô địch và nhóm trụ hạng.