Ban Chỉ đạo Chương trình chỉ đạo xây dựng và thông qua kế hoạch 5 năm, hằng năm triển khai thực hiện Chương trình Quốc gia bảo đảm cấp nước an toàn giai đoạn 2016-2025 và Chương trình Quốc gia chống thất thoát, thất thu nước sạch đến năm 2025; chỉ đạo triển khai thực hiện 2 chương trình theo kế hoạch đã được phê duyệt.
Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ xây dựng và quyết định phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về bảo đảm cấp nước an toàn và chống thất thoát nước sạch; huy động và phân bổ các nguồn lực triển khai thực hiện 2 chương trình. Đồng thời, giúp Thủ tướng Chính phủ điều phối các hoạt động liên ngành giữa các bộ, ngành cơ quan trung ương và địa phương trong việc tổ chức triển khai thực hiện chương trình.