Cụ thể, bản kết luận của Thanh tra Chính phủ thể hiện, các dự án trình xin chủ trương lựa chọn nhà đầu tư bằng hình thức chỉ định thầu đều có lý do là chỉ có 1 nhà đầu tư tham gia hoặc do tính cấp bách của dự án nhưng không có quy trình, thủ tục đánh giá, xác định thế nào là dự án cấp bách.
Trong đó, chỉ duy nhất dự án Pháp Vân - Cầu Giẽ, Thủ tướng yêu cầu Bộ GTVT tổ chức đấu thầu rộng rãi để lựa chọn nhà đầu tư, nhưng quá trình triển khai đấu thầu, không chọn được nhà đầu tư, phải chuyển sang hình thức chỉ định thầu.
Thanh tra Chính phủ đã điểm mặt các nhà đầu tư không đáp ứng yêu cầu dự án, như ¾ công ty trong liên danh nhà đầu tư thực hiện dự án hầm đường bộ Phước Tượng, Hầm Phú Gia đã không góp được vốn theo cam kết, phải rút khỏi liên danh và xin giảm tối đa tỷ lệ vốn góp. Theo đó, liên danh phải mời gọi nhà đầu tư thay thế, dẫn đến chậm tiến độ thực hiện dự án.
Vẫn theo Thanh tra Chính phủ, nhiều dự án BT (Xây dựng - Chuyển giao), BOT (Xây dựng - Kinh doanh - Chuyển giao) có nội dung ký kết hợp đồng dự án phức tạp, nhiều điểm không cụ thể, mang nặng tính nguyên tắc với nhiều chỉ tiêu hợp đồng ký dưới dạng tạm tính và giả thiết sẽ phải tiếp tục đàm phán xác định trong suốt quá trình thực hiện dự án, cả thời gian quản lý khai thác dự án.
Trong khi đó, nhà đầu tư không phải chịu rủi ro về doanh thu, lại được ấn định tỷ lệ lợi nhuận trong hợp đồng. Như vậy, hợp đồng dự án không mang tính thị trường, thiếu bình đẳng giữa các bên hợp đồng.
Cơ quan thanh tra khẳng định, tổng vốn đầu tư xác định cho hợp đồng trên cơ sở tổng mức đầu tư, tuy vậy, kết quả kiểm tra có nhiều sai lệch, dẫn đến vốn đầu tư xác định cho hợp đồng dự án không chính xác. Mặt khác, dự toán công trình do nhà đầu tư lập, phê duyệt làm cơ sở cho việc ký kết hợp đồng thầu và thanh quyết toán xác định chính thức tổng vốn đầu khi công trình hoàn thành có nhiều sai lệch.
Theo kết luận, việc tổ chức rà soát dự toán các dự án BOT của Bộ Giao thông Vận tải đã xác định các nhà đầu tư phê duyệt dự toán không đúng phải điều chỉnh, giải trình, bổ sung thủ tục với tổng giá trị 654.000 triệu đồng (654 tỷ đồng).
Đoàn thanh tra kiểm tra một số nội dung về dự toán và thanh toán đối với 7 dự án, xác định các nhà đầu tư phê duyệt sai tăng về đơn giá định mức, chế độ tiền lương, phụ cấp, hoặc thiếu hồ sơ, căn cứ phê duyệt một số yếu tố phát sinh thực tế không hợp lý, với tổng giá trị 316.252,59 triệu đồng (hơn 316 tỷ đồng).
