Kết luận Thanh tra Chính phủ chỉ rõ việc cổ phần hoá, thoái vốn nhà nước tại Cảng Quy Nhơn đã thực hiện không đúng với Đề án tái cơ cấu Tổng Cty Hàng hải Việt Nam (Vinalines) giai đoạn 2012-2015 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, Bộ Chính trị thông qua và việc Bộ GTVT cho phép Vinalines chuyển nhượng 75,01% CP thuộc sở hữu nhà nước theo phương thức thoả thuận trực tiếp là trái thẩm quyền, vi phạm quy định của pháp luật.
Việc UBND tỉnh Bình Định đề nghị Bộ GTVT, Thủ tướng Chính phủ cho phép cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn theo hướng Nhà nước nắm giữ 49% vốn điều lệ, sau đó tiếp tục đề nghị Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ cho bán hết 49% vốn nhà nước tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn và việc Bí thư Tỉnh ủy Bình Định có Văn bản số 1062-CV/TU ngày 13.7.2015 đề nghị Bộ GTVT chỉ đạo đẩy nhanh tiến độ bán toàn bộ 49% cổ phần của Nhà nước tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn là không đúng chức năng, nhiệm vụ theo quy định của pháp luật. Việc này không đúng với Đề án tái cơ cấu Vinalines giai đoạn 2012-2015 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, theo đó cổ phần hóa Cảng Quy Nhơn, Nhà nước nắm giữ 75% vốn điều lệ. Trách nhiệm thuộc về một số lãnh đạo tỉnh Bình Định nhiệm kỳ 2010 - 2015.
Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý về trách nhiệm đối với nhiều tổ chức, cá nhân. Theo đó, căn cứ kết luận thanh tra và ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giao thông vận tải chủ trì kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với các tập thể, cá nhân thuộc thẩm quyền quản lý có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm trong quá trình thực hiện cổ phần hóa, thoái vốn Nhà nước tại Cảng Quy Nhơn.
Bộ Giao thông Vận tải còn có trách nhiệm chỉ đạo Vinalines theo thẩm quyền kiểm điểm, xử lý trách nhiệm các tập thể, cá nhân có khuyết điểm, vi phạm, trong đó có: Ban Chỉ đạo cổ phần hóa và Tổ giúp việc, trong đó trách nhiệm chính thuộc về Trưởng ban Chỉ đạo và Tổ trưởng Tổ giúp việc đối với những khuyết điểm, vi phạm nêu tại kết luận thanh tra; nguyên tổng giám đốc và nguyên kế toán trưởng Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn đối với khuyết điểm, vi phạm trong việc trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định, dẫn đến giảm nguồn thu ngân sách.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Văn phòng Chính phủ tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với các cá nhân thuộc Văn phòng Chính phủ có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm nêu tại kết luận thanh tra.
UBND tỉnh Bình Định tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các tập thể, cá nhân có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm nêu tại Kết luận thanh tra.
Đáng chú ý, Thanh tra Chính phủ cho biết chuyển kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra T.Ư để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với những cán bộ thuộc diện T.Ư quản lý có liên quan đến những khuyết điểm, vi phạm.
Về xử lý kinh tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, chỉ đạo, thực hiện việc thu hồi 75,01% cổ phần tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn về sở hữu Nhà nước. Đảm bảo Nhà nước nắm giữ cổ phần chi phối tại Công ty cổ phần Cảng Quy Nhơn theo Đề án tái cơ cấu Tổng công ty Hàng hải Việt Nam giai đoạn 2012 - 2015 đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, đảm bảo an ninh quốc phòng, lợi ích của Nhà nước và nhà đầu tư theo quy định pháp luật.
