Tại cuộc hội đàm, hai bên bày tỏ vui mừng trước những bước phát triển thực chất của quan hệ giữa hai nước, thể hiện qua việc hai bên vừa ký kết một loạt các văn kiện hợp tác trong các lĩnh vực như y tế, giáo dục, phát triển nguồn nhân lực, tài chính ngay trước hội đàm cấp cao Việt Nam - Nhật Bản.
Hai Thủ tướng nhất trí tiếp tục tăng cường sự tin cậy chính trị thông qua việc duy trì các chuyến thăm và tiếp xúc cấp cao. Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc mời Thủ tướng Abe thăm lại Việt Nam, dự Hội nghị cấp cao ASEAN trong năm Việt Nam là Chủ tịch ASEAN 2020. Thủ tướng Abe cảm ơn và vui vẻ nhận lời. Hai bên nhất trí tiếp tục tăng cường hợp tác về quốc phòng, an ninh, trong đó có hợp tác trong khuôn khổ ADMM+.
Về hợp tác kinh tế, thương mại, đầu tư, hai Thủ tướng hoan nghênh việc hai bên đã thống nhất về các thủ tục để cho phép nhập khẩu quả vải của Việt Nam và quả táo của Nhật Bản. Ta đề nghị Nhật Bản xem xét sớm cho phép nhập khẩu đối với quả nhãn, vú sữa, chanh leo của Việt Nam, hỗ trợ Việt Nam nâng cao chất lượng nông sản, phát triển nông nghiệp công nghệ cao. Phía Nhật Bản đề nghị ta cho phép nhập khẩu cam của Nhật Bản.
Hai bên nhất trí tiếp tục phối hợp chặt chẽ để triển khai hiệu quả các dự án hợp tác ODA của Nhật Bản tại Việt Nam, thúc đẩy hợp tác theo hình thức hợp tác công tư (PPP). Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định Việt Nam sẽ tiếp tục nỗ lực để xây dựng môi trường đầu tư thông thoáng, minh bạch, thuận lợi hơn nữa.
Hai Thủ tướng hoan nghênh việc hai nước đã ký kết Bản ghi nhớ hợp tác về khung pháp lý cơ bản để thực hiện đúng chương trình “Lao động kỹ năng đặc định”, nhất trí hợp tác để triển khai hiệu quả Bản ghi nhớ.
Hai nhà lãnh đạo hoan nghênh hai nước ký Hiệp định chuyển giao người bị kết án tù, nhất trí thúc đẩy đàm phán Hiệp định tương trợ tư pháp về hình sự, tăng cường hợp tác y tế thông qua Sáng kiến sức khỏe Châu Á.
Thủ tướng Abe khẳng định Nhật Bản sẽ tích cực hỗ trợ Việt Nam đào tạo cán bộ, đào tạo nghề, nâng cao năng lực cạnh tranh, năng suất lao động, cải cách hành chính, xây dựng Chính phủ điện tử hướng đến Chính phủ số, nền kinh tế số và xã hội số, đối phó với biến đổi khí hậu...
Trước hội đàm cấp cao, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc và Thủ tướng Nhật Bản Abe Shinzo đã chứng kiến lễ ký kết, trao đổi 6 văn kiện, trong đó có Hiệp định giữa CHXHCN Việt Nam và Nhật Bản về chuyển giao người bị kết án phạt tù; Công hàm trao đổi giữa Chính phủ CHXHCN Việt Nam và Chính phủ Nhật Bản liên quan đến khoản viện trợ không hoàn lại cho Dự án Học bổng phát triển nguồn nhân lực (JDS)...
