Trong thông cáo gửi báo giới, Tổng cục Môi trường cho biết Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường là đơn vị được thành lập từ năm 2014 trên cơ sở điều chuyển, sắp xếp lại tổ chức và con người từ Thanh tra Tổng cục Môi trường trước đây, do có sự thay đổi trong quy định của Luật Thanh tra về tổ chức thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành.
Theo quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ ban hành năm 2014, cơ cấu tổ chức của Cục có Văn phòng và 4 phòng chuyên môn. Tổng số công chức và hợp đồng lao động của Cục là 25 người, trong đó có 3 lãnh đạo Cục, 13 lãnh đạo cấp Phòng, 6 chuyên viên và 3 hợp đồng lao động. Việc bố trí cán bộ là phù hợp với thực tế và quy định tại thời điểm đó. Trong quá trình sắp xếp tổ chức bộ máy của Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường, đã có một số cán bộ xin chuyển công tác.
Tuy nhiên, hiện nay Chính phủ và Bộ TNMT có chủ trương tổ chức tinh gọn bộ máy, tinh giản biên chế. Vì vậy, để hoạt động hiệu quả hơn, cùng với các đơn vị khác trong Bộ Tài nguyên và Môi trường, Tổng cục Môi trường cho biết đã chủ động tiến hành tổ chức đánh giá toàn diện việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc và tiến hành xây dựng Đề án kiện toàn tổ chức bộ máy của Tổng cục Môi trường trình Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường. Đề án được các Bộ, ngành góp ý, hiện đang được Bộ Nội vụ và Bộ Tư pháp thẩm định trước khi trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
Theo đề án này, số đầu mối các Cục quản lý nhà nước trực thuộc Tổng cục Môi trường (trong đó có Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường) sẽ giảm từ 7 Cục xuống còn 4 Cục, chuyển đổi mô hình tổ chức của 3 Cục thành Vụ. Số lượng đầu mối cấp phòng sẽ giảm bớt 17 phòng, số lượng cán bộ lãnh đạo cấp phòng sẽ giảm 43 người.
Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường trở thành tâm điểm chú ý của dư luận khi Cục phó của cục này ông Nguyễn Xuân Quang bị mất trộm gần 400 triệu khi đi thanh tra hàng loạt doanh nghiệp. Vụ mất trộm vẫn đang được điều tra nhưng vị Cục phó cũng bị yêu cầu giải trình về nguồn gốc số tiền bị mất.
