Các nạn nhân thiệt mạng tập trung chủ yếu ở Khánh Hòa với 27 người, Quảng Ngãi với 4 người; Bình Định với 3 người và 4 người do sự cố tàu vận tải. Số người mất tích giảm 3 người so với báo cáo nhanh ngày 4.11.
Bão làm sập 1.358 ngôi nhà, làm tốc mái, hư hỏng 114.866 nhà. Trên biển, có 10 tàu/101 thuyền viên bị chìm, hư hỏng trên khu vực phao số 0, Cảng Quy Nhơn (riêng tàu Thanh Hải 18 hiện chưa xác định được số thuyền viên). Hiện đã cứu vớt được 88 người, 4 người chết và 9 người mất tích. Ngoài ra, còn có 1 tàu vận tải/4 thuyền viên bị chìm, (đã cứu 4 thuyền viên), 1 tàu du lịch bị mắc cạn (trên tàu không có người) và mất liên lạc 1 tàu cá.
Diện tích lúa bị ngập 5.296 ha, tăng 793ha so với báo cáo nhanh ngày 04.11. Diện tích rau mầu bị ngập, thiệt hại là 14.849 ha.
Lồng bè nuôi trồng thủy, hải sản bị ảnh hưởng 24.435 lồng. Trong 2 ngày 4 và 5.11 trên địa bàn xã Trà Dương, huyện Bắc Trà My, Quảng Nam đã xảy ra mưa lớn làm vỡ tràn xả lũ hồ Nước Rôn, hồ có dung tích 1,1 triệu m3. Kích thước tràn cao 21,5m, dài 111m, diện tích lưu vực 5,25km2. Ủy ban nhân dân huyện đã di dời 250 hộ dân xã Trà Dương, không có thiệt hại về người.
Bão số 12 cũng gây thiệt hại nặng về đường xá khi làm sạt lở nhiều tuyến quốc lộ, tỉnh lộ tại tỉnh Phú Yên, Khánh Hòa, Quảng Nam, Kon Tum, Quảng Trị, Quảng Ngãi, Lâm Đồng. Đoạn đường sắt từ Ga Diêu Trì đến Ga Phú Hiệp hiện đã thông tuyến sau nhiều giờ bị gián đoạn. Tuy nhiên, đoạn từ Ga Phú Hiệp đi Ga Đại Lãnh còn nhiều cột thông tin, tín hiệu ngã đổ vào đường sắt hiện đang được khắc phục.
