Vẳng nghe tiếng chuông, dân làng hướng Phật, chăm chỉ thức khua dậy sớm làm lụng, “trên thuận, dưới hòa” và nhiều người phát tâm làm việc thiện. Năm 1886, nhà sư khởi công xây dựng chùa Long Sơn trên khu đất trống phía Đông quả đồi.
Năm 1990, sau trận bão lớn, Hòa thượng Thích Ngộ Chí quyết định dời xuống chân núi, dựng lại chùa ở vị trí bây giờ và trụ trì tại đây cho đến cuối đời. Từ đó đến nay, qua nhiều lần trùng tu, nâng cấp, mở rộng…, chùa Long Sơn ngày càng bề thế, khang trang và từng được vua Bảo Đại sắc phong "Sắc tứ Long Sơn tự".
Năm 1936, theo di nguyện của sư Ngộ Chí, chùa được tiến cúng cho Hội An Nam Phật học để làm trụ sở chấn hưng Phật giáo Khánh Hòa, đến nay vẫn là trụ sở của Giáo hội Phật giáo tỉnh.
Khuôn viên chùa rộng hơn 3.200 mét vuông. Chính điện rộng rãi, trang nghiêm, có bức tượng Phật Thích Ca Mâu Ni bằng đồng cao 1,6m , nặng 700kg; sau tượng là tấm gương lớn tượng trưng cho ánh sáng hào quang nhà Phật. Trong chùa còn có tượng Quan Âm Chuẩn Đề “ngàn tay, ngàn mắt”. Bên cạnh chùa là giảng đường của Trường Trung cấp Phật học Khánh Hòa.
Trên đồi Trại Thủy, năm 1964-1965, Phật tử các tỉnh Khánh Hòa và vùng lân cận đã chung tay đóng góp, tạo dựng pho tượng Kim thân Phật tổ ngồi thuyết pháp nơi nền chùa cũ. Tượng đúc bê tông, màu trắng, chiều cao tính từ mặt bằng lên 24m, từ đế lên 21m , phần tượng cao 14m, đài sen 7m, đường kính đài sen 10m. Xung quanh đài là hình bảy vị Thánh tử vì đạo.
Trước Phật đài có cặp rồng dài 7,2m. Những ngày trời yên, biển lặng, trên đường đến Nha Trang, ngoài Bắc vào hay trong Nam ra, dù đi ô tô hay xe lửa, du khách đều nhìn thấy tượng Phật trắng uy nghi vời vợi dưới trời xanh mà lòng nhẹ tênh trước nụ cười bao dung của Phật tổ.
Muốn dâng hương trước Kim Thân Phật Tổ, phải đi qua 193 bậc tam cấp. Năm 2003, sư thầy trụ trì chùa Long Sơn là hòa thượng Thích Chí Tín đã an vị tượng Phật Tổ nhập Niết Bàn dài 17m, cao 5m ở bậc cấp thứ 44, đằng sau là bức phù điêu khắc họa cảnh 49 đệ tử túc trực niệm Phật.
Trước đó 1 năm, Hòa thượng Thích Chí Tín đã cho dựng nhà chuông cách tượng Phật Tổ nhập Niết Bàn khoảng 5m, rồi tiếp nhận đại hồng chung cao 2,2m, nặng 1.500kg do Phật tử tại Huế tặng.
Đường lên chùa như “lên trời”, xanh mướt tán cây, thâm u bóng núi. Từ đỉnh đồi Trại Thủy ngắm nhìn “sơn thủy hữu tình”, mới hiểu vì đâu người xưa nói rằng, vùng đất này là nơi “tứ thủy triều qui, tứ thú tụ”.
Một lần vãn cảnh chùa, chiêm bái Kim Thân Phật Tổ, tự cắt nghĩa được vì sao người Nha Trang - Khánh Hòa khẳng định Long Sơn tự là một trong những biểu tượng đẹp của “xứ trầm hương”.
