Theo kết luận thanh tra, trong công tác thực hành tiết kiệm chống lãng phí, UBND TP Thủ Đức và các đơn vị trực thuộc còn một số thiếu sót như: không lập đầy đủ phụ lục đính kèm báo cáo, không cập nhật đầy đủ các số liệu, biểu mẫu; chưa xây dựng đầy đủ mục tiêu, chỉ tiêu tiết kiệm tại kế hoạch, việc lập và công khai kế hoạch còn trễ hạn; chưa xây dựng các tiêu chí chi tiêu cụ thể trong quy chế chi tiêu nội bộ; cơ sở báo cáo thực hành tiết kiệm chống lãng phí của đơn vị chưa chính xác.
Đối với việc giải quyết các khó khăn, vương mắc của Dự án Khu công nghệ cao, Công viên Lịch sử - Văn hóa dân tộc, các dự án tái định cư do Công ty TNHH MTV Dịch vụ Công ích Quận 9 làm chủ đầu tư, hầu hết các nhiệm vụ được UBND TP Thủ Đức đang trong quá trình thực hiện, có nhiều nhiệm vụ thực hiện rất chậm và có nhiệm vụ đã hoàn thành nhưng còn trễ hạn so với chỉ đạo của UBND TPHCM.
Về việc quản lý nhà, đất do nhà nước quản lý, một số các khu đất nhà nước quản lý chưa được UBND TP Thủ Đức thống nhất phê duyệt chủ trương xử lý; đất thuộc diện nhà nước trực tiếp quản lý (đất trống, đất dôi dư sau bồi thường giải tỏa của các dự án) chưa được kê khai, xác lập quản lý nhà nước.
Các Công ty TNHH MTV Dịch vụ công ích (Quận 9, quận Thủ Đức) chưa bàn giao đầy đủ quỹ nhà ở sản xuất kinh doanh và nền tái định cư cho Trung tâm Quản lý nhà và Giám định xây dựng (thuộc Sở Xây dựng) theo chỉ đạo của UBND TP.
Có một số mặt bằng hết thời hạn thuê, bên thuê vẫn tiếp tục sử dụng nhưng đơn vị được giao quản lý chưa kịp thời thu hồi một số mặt bằng nhà đất và tiền thuê nhà đất như đã nêu tại kết quả kiểm tra, xác minh.
Từ những kết luận nêu trên, Thanh tra TPHCM kiến nghị và được Chủ tịch UBND TPHCM kết luận giao Chủ tịch UBND TP Thủ Đức tổ chức kiểm điểm trách nhiệm, tùy theo tính chất mức độ sai phạm, thiếu sót mà có hình thức xử lý phù hợp đối với tập thể, cá nhân có liên quan theo nội dung kết luận thanh tra.