Để đẩy mạnh tự chủ ĐH và giúp các trường phát huy tối đa quyền tự chủ để phát triển, Bộ GDĐT đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo sớm ban hành Nghị định về tự chủ ĐH thay thế cho Nghị quyết số 77. Đồng thời chính thức thí điểm 3 trường trực thuộc Bộ bỏ bộ chủ quản.
Ba trường được chọn là ĐH Kinh tế quốc dân, Trường ĐH Kinh tế TPHCM và Trường ĐH Bách khoa Hà Nội. Đây là bước tiến 'thoát' cơ quan chủ quản nhằm đẩy mạnh hơn nữa tự chủ đại học.
Cũng theo Bộ GDĐT, đến nay đã có 23 cơ sở giáo dục ĐH được Thủ tướng Chính phủ quyết định giao thí điểm đổi mới cơ chế hoạt động về thực hiện nhiệm vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học; tổ chức bộ máy, nhân sự; tài chính; chính sách học bổng, học phí; đầu tư, mua sắm; cơ chế giám sát.
Tuy nhiên, việc tự chủ vẫn tồn tại nhiều vướng mắc như một số trường chưa hoàn thiện cơ cấu tổ chức của nhà trường theo quy định, chưa ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của Hội đồng trường, hình thức hoạt động của Hội đồng trường chủ yếu bằng các cuộc họp, vai trò giám sát của Hội đồng trường khá mờ nhạt, nguồn kinh phí cho hoạt động của Hội đồng trường phụ thuộc vào kinh phí của nhà trường do Hiệu trưởng quyết định.
Các nguồn thu từ học phí, lệ phí vẫn là nguồn thu chính của các trường tự chủ, chiếm trên 70% tổng thu của các trường, điều này là rủi ro khi nguồn thu phụ thuộc nhiều vào tình hình tuyển sinh.
Bộ GDĐT cũng cho rằng, cơ chế "cơ quan chủ quản" thể hiện sự can thiệp của cơ quan quản lý vĩ mô vào các vấn đề tự chủ, đặc biệt là bộ máy tổ chức, nhân sự và đầu tư của nhà trường. Vì vậy thời gian tới, Bộ sẽ chủ trương đẩy mạnh hơn nữa việc tự chủ của các trường, để tiến tới thoát dần "cơ quan chủ quản".
