Theo đó, ACV bị xác định đã sử dụng không đúng nguồn vốn để xây dựng Dự án đường lăn E6 ở sân bay Đà Nẵng với giá trị 297 tỉ đồng giai đoạn 2012-2015 nên dẫn tới tính không đúng giá trị doanh nghiệp để cổ phần hoá và ACV phải nộp bổ sung gần 63 tỉ đồng thuế TNDN.
Trong việc quản lý, sử dụng đất, đến thời điểm ACV chuyển sang công ty cổ phần, cảng vụ chưa hoàn thành thủ tục giao hơn 2.888 ha đất và chưa ký hợp đồng thuê đất trả tiền hàng năm với trên 197 ha khiến đơn vị này thiếu cơ sở để nộp tiền thuê đất vào NSNN với số tiền 330 tỉ đồng. Ngoài ra, 11 cảng hàng không chưa được chính quyền địa phương cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất với hơn 7.225 ha.
ACV và một số chi nhánh cảng hàng không bị phát hiện cho thuê lại đất, góp vốn bằng quyền sử dụng đất sai mục đích, không đúng quy định của Nhà nước với tổng diện tích 2.931 ha và khi thực hiện đền bù, giải phóng mặt bằng 7,63 ha đất quốc phòng để mở rộng Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất, Bộ GTVT và Bộ Quốc phòng thực hiện việc thu hồi và giao đất không đúng chức năng, thẩm quyền theo quy định, thực hiện tính tiền đền bù của Bộ Xây dựng làm tăng sai quy định giá trị thực tế công trình thêm 61,6 tỉ đồng.
Ngoài ra, một số vị trí đất do ACV, SASCO đang quản lý, sử dụng nhưng chưa hoàn thiện thủ tục giao, thuê đất... ACV cũng đã ghi tăng giá trị tài sản khi chưa đủ điều kiện và thực hiện trích khấu hao tài sản cố định không đúng quy định hơn 70 tỉ đồng nên phải nộp bổ sung hơn 15,5 tỉ đồng thuế TNDN.
Bên cạnh đó, ACV đã không thực hiện đấu thầu mà thay vào đó là chỉ định thầu cho thuê hầu hết mặt bằng để kinh doanh dịch vụ tại các cảng hàng không từ năm 2010 trong đó chỉ trong 2 năm 2014-2015, công ty đã ký 803 hợp đồng với số tiền lên tới 701 tỉ đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra việc thu tiền sử dụng sân đường dẫn vào nhà ga hàng không đối với ôtô đưa đón trả khách tại 21 chi nhánh cảng hàng không là không đúng quy định của pháp luật về đất đai do không phải nộp tiền sử dụng đất. Từ 1.1.2012 đến 31.12.2015, 19/21 cảng hàng không đã thu số tiền dịch vụ sân đường lên tới 551 tỉ đồng.
Trên cơ sở phát hiện các sai phạm, Thanh tra Chính phủ kiến nghị xử lý số tiền là 3.652 tỉ đồng và 7.225,1 ha đất. Đến nay, ACV đã thực hiện xử lý vi phạm về tài chính tổng cộng 1.158 tỉ đồng. Ngoài ra, hàng loạt vi phạm tại công ty SASCO cũng được chỉ ra với số tiền hàng chục tỉ đồng.
