Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, ngay khi được triển khai, dự án đã nảy sinh các tồn tại, bất cập, làm phát sinh những vướng mắc giữa các bên. Hợp đồng trọn gói có nhiều nội dung không rõ ràng, dẫn đến các cách hiểu khác nhau giữa các bên và xảy ra việc chậm tiến độ.
Thanh tra Chính phủ nhận định, việc tư vấn Systra tự kê khai thời gian chậm trễ, kéo dài làm căn cứ để tính tiền, trong đó có xác định lỗi của các bên, nhưng Ban Quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội chưa kiểm tra đã thanh toán tiền cho tư vấn theo bảng kê của tư vấn là thiếu cơ sở. Điều này cần phải được rà soát lại để xác định lỗi bên nào thì bên đó phải chịu trách nhiệm đối trừ theo quy định của pháp luật.
Nhận định việc điều chỉnh hợp đồng trọn gói tăng thêm trên 6,5 triệu Euro là chưa đúng quy định nhưng Thanh tra Chính phủ đánh giá, thực tế việc phân chia từ 4 gói thầu lớn ban đầu thành 9 gói thầu nhỏ hiện nay có phát sinh một số công việc phải tăng thêm. Hơn nữa, các nguyên nhân chủ quan và khách quan dẫn đến chậm trễ và kéo dài, theo đó phải bổ sung chi phí.
Từ kết quả thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao Chủ tịch UBND TP Hà Nội chỉ đạo chủ đầu tư dự án rà soát lại trách nhiệm của Tư vấn Systra, để xác định chi phí thuộc trách nhiệm phần lỗi của tư vấn và thực hiện giảm trừ khi quyết toán.
Ngoài ra phải rà soát cả trách nhiệm vật chất của các đơn vị tư vấn có liên quan trong quá trình thực hiện dự án gây chậm trễ kéo dài, dẫn đến phát sinh tăng chi phí và thực hiện việc giảm trừ khi quyết toán hợp đồng.
Thanh tra Chính phủ cũng yêu cầu Hà Nội giải quyết theo thẩm quyền đối với những nội dung tố cáo về dấu hiệu vi phạm pháp luật trong công tác thanh tra của Thanh tra TP. Hà Nội.
Bộ Giao thông Vận tải chỉ đạo các đơn vị liên quan kiểm tra, xem xét trách nhiệm trong việc thực hiện các công việc của dự án gây chậm trễ, dẫn đến tăng chi phí.
UBND TP Hà Nội tổ chức kiểm điểm và chỉ đạo Ban quản lý Đường sắt đô thị Hà Nội, Sở Kế hoạch và Đầu tư, Sở Quy hoạch kiến trúc, Thanh tra TP. Hà Nội kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân qua các thời kỳ có liên quan đến các vi phạm. Căn cứ kết quả kiểm điểm có biện pháp xử lý đối với những tập thể, cá nhân trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao.
Bộ Quốc phòng chỉ đạo Bộ Tư lệnh Công binh, Tổng công ty Xây dựng Lũng Lô kiểm điểm trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan đến các vi phạm trong việc thực hiện hợp đồng về rà phá bom mìn, vật nổ đoạn cầu cạn và khu vực depot.
