Hội nghị đã ghi nhận những kết quả quan trọng đạt được trong việc hiện thực hóa Chiến lược Tokyo 2015, bao gồm triển khai “Kế hoạch hành động của Chiến lược Tokyo 2015”, “Sáng kiến kết nối Mekong Nhật Bản” và “Tầm nhìn phát triển công nghiệp Mekong.”
Các nước Mekong đánh giá cao sự hỗ trợ của Nhật Bản dành cho hợp tác tiểu vùng. Sau khoảng 2 năm triển khai các kế hoạch hành động của Chiến lược Tokyo 2015 và Tầm nhìn phát triển công nghiệp Mekong-Nhật Bản, đã thực hiện tài trợ hơn 2/3 số tiền cam kết là 750 tỷ yen (khoảng 6,6 tỷ USD) dành cho 3 năm 2016-2018.
Về định hướng hợp tác thời gian tới, các nhà lãnh đạo nhất trí: Tiếp tục thúc đẩy hợp tác kinh tế - công nghiệp giữa Nhật Bản với các nước Mekong theo định hướng của tài liệu “Phát triển công nghiệp Mekong kết nối” đưa ra tại Hội nghị Bộ trưởng Kinh tế Mekong-Nhật Bản lần thứ 9; Tăng cường sự phối hợp giữa hợp tác Mekong-Nhật Bản với các tổ chức khu vực và quốc tế khác như Ngân hàng Phát triển châu Á, Trung tâm Nhật Bản-ASEAN, Ủy hội sông Mekong... ; Hỗ trợ các nước Mekong thực hiện mục tiêu tăng trưởng xanh, triển khai các dự án ứng phó lũ lụt, hạn hán và tái khẳng định ý nghĩa sống còn của việc quản lý, sử dụng bền vững nguồn nước và bảo vệ môi trường sông Mekong.
Phát biểu tại hội nghị, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đánh giá sau 10 năm thành lập, hợp tác Mekong-Nhật Bản ngày càng hiệu quả, khẳng định vai trò quan trọng trong khu vực và mang lại lợi ích thiết thực cho người dân. Thủ tướng cũng cảm ơn sự hỗ trợ của Chính phủ và nhân dân Nhật Bản dành cho khu vực Mekong nói chung và Việt Nam nói riêng.
Thời gian tới, Thủ tướng nhấn mạnh hợp tác Mekong-Nhật Bản cần chú trọng hỗ trợ các nước Mekong: Phát triển công nghiệp và nông nghiệp tiên tiến; Nâng cao chất lượng nguồn nhân lực cũng như năng lực nghiên cứu phát triển; Xây dựng hạ tầng chất lượng cao và tăng cường kết nối khu vực, bao gồm các tuyến hành lang giao thông liên quốc gia và hệ thống logistic; Chuyển đổi mô hình phát triển theo hướng xanh, sạch và bền vững, đồng thời bảo vệ môi trường, quản lý và sử dụng bền vững nguồn nước sông Mekong.
Kết thúc hội nghị, các nhà lãnh đạo đã ra Tuyên bố chung và nhất trí sẽ tổ chức Hội nghị Cấp cao Mekong - Nhật Bản lần thứ 10 tại Nhật Bản.