So với thu phí thủ công (MTC), thu phí tự động có nhiều ưu điểm hơn như: Không sử dụng tiền mặt, xe không cần dừng khi qua trạm... Hiện tại Việt Nam có đơn vị cấp dịch vụ thu phí tự động (ETC) là VETC và ePass. Tuy nhiên trong quá trình thực hiện, nhiều chủ xe gặp phải không ít tình huống rắc rối khi di chuyển qua những trạm thu phí tự động dù đã dán thẻ định danh.
Theo chị Phạm Thu Thuỷ, thu phí không dừng giảm 2% VAT nhưng sao có trạm giảm, có trạm không giảm. Cụ thể, sáng ngày 2.2..2022 chị Thuỷ từ Thái Bình đi Hà Nội, giá vé tại trạm thu phí Mỹ Lộc vẫn 15.000 đồng, nhưng tại trạm thu phí Pháp Vân giảm xuống còn 63.000 đồng.
Cùng đó, anh Hoàng Văn Thái (Hà Nội) cũng cho biết, đã có lần anh đi vào làn ETC nhưng barie không tự mở dù trong tài khoản vẫn còn tiền, phải mất vài phút chờ đợi nhân viên hỗ trợ barie mới mở. Việc này khiến các phương tiện phía sau bực bội đã bấm còi thúc giục.
Ngoài một số những bất cập nêu trên, hiện vẫn còn nhiều phương tiện không dán thẻ ETC hoặc không nạp tiền vào tài khoản vẫn đi vào làn thu phí tự động và dừng trả tiền mặt khiến một số phương tiện sử dụng thu phí không dừng đi phía sau vẫn phải dừng. Trong khi đã có quy định những phương tiện không dán thẻ ETC đi vào làn thu phí không dừng sẽ bị phạt lên đến 2 triệu đồng.
Theo các chuyên gia giao thông hai bên đều có trách nhiệm như nhau, nếu phạt phương tiện tiện không dán thẻ ETC đi vào làn thu phí không dừng, thì nếu lỗi sự cố của các nhà cũng cấp dịch vụ gây phiền hà cho lái xe thì cách xử lý đơn giản nhất là bên cung cấp dịch vụ chủ động mở rào chắn để tạo thuận lợi cho phương tiện lưu thông.
Theo đại diện Tổng cục Đường bộ Việt Nam, khi nhận được phản ánh về các lỗi phát sinh trong quá trình vận hành hệ thống ETC, Tổng cục Đường bộ Việt Nam yêu cầu các nhà cung cấp dịch vụ xác định nguyên nhân lỗi và khắc phục ngay. Đối với các lỗi vận hành, Tổng cục yêu bộ phận giám sát hậu kiểm của nhà cung cấp dịch vụ xác định lỗi, hướng dẫn nhân viên quy trình khắc phục hoàn trả tiền cho chủ xe nếu thu nhầm, bộ phận chăm sóc khách hàng liên hệ với chủ xe để giải thích rõ ràng.