Phát triển cực thịnh dưới thời Trần, Lê Sơ và hoạt động trong gần 7 thế kỷ, Thương cảng Vân Đồn không chỉ là nơi giao thương hàng hóa với các quốc gia láng giềng, mà còn đóng vai trò quan trọng trên con đường vận tải biển quốc tế giữa Bắc Á với Nam Á, Ấn Độ và Địa Trung Hải... cho đến khoảng cuối thế kỷ XVIII.
Rất nhiều hiện vật quý, như tiền xu, tàu thuyền, đồ gốm, cư cụ... đang được lưu giữ, trưng bày tại một khu vực riêng của Bảo tàng Quảng Ninh, đã giúp tái hiện rất chân thực về hoạt động sầm uất của Thương cảng cổ Vân Đồn.
Tuy nhiên, các hoạt động bảo vệ, quản lý và phát huy giá trị di tích chỉ được quan tâm triển khai mạnh thời gian gần đây. Năm 2021, UBND tỉnh phê duyệt Đề cương nhiệm vụ xây dựng hồ sơ khoa học để gửi Bộ VH,TT&DL, đề nghị Chính phủ xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt đối với Quần thể di tích lịch sử Thương cảng Vân Đồn.
Trước đó, chỉ một số điểm bến thuyền, như Cống Đông, Cống Tây (xã Thắng Lợi), Cái Làng (xã Quan Lạn) thuộc thương cảng cổ là được cấp bằng xếp hạng di tích lịch sử quốc gia. Có không ít những hiện vật, di tích khác chưa được quan tâm bảo tồn, gìn giữ hiệu quả. Đặc biệt, theo phản ánh của cử tri và nhân dân địa phương, hệ thống các đền chùa, miếu, bảo tháp trên xã đảo Thắng Lợi đang rất cần được quan tâm tu bổ, phục dựng để phát huy giá trị văn hóa, lịch sử.
Kiến nghị này đã được cử tri huyện gửi tới kỳ họp thứ 6 HĐND tỉnh khóa XIV. Tại Báo cáo số 136/BC-UBND ngày 3/6/2022, UBND tỉnh đã trả lời, báo cáo kết quả giải quyết cụ thể. Theo đó, đối với các điểm di tích nằm trên đảo Thắng Lợi nói riêng (gồm bến Công Đông, bến Cống Tây), cũng như trong phạm vi toàn Thương cảng cổ Vân Đồn nói chung, đều đã có lộ trình tu bổ, phục dựng rõ ràng.
Công tác xây dựng hồ sơ khoa học để xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt cho Quần thể di tích Thương cảng cổ Vân Đồn đang được Sở VH&TT triển khai, sẽ hoàn thành và báo cáo, trình Chính phủ trong tháng 12/2022. Sau khi được xếp hạng, công tác tu bổ, tôn tạo, phục hồi sẽ được triển khai theo 2 giai đoạn cụ thể. Trong đó, từ năm 2023-2025, tỉnh sẽ lập quy hoạch tổng thể bảo tồn và phát huy giá trị cho các di tích đã được xếp hạng. Từ năm 2026-2030, tỉnh sẽ triển khai dự án thành phần theo quy hoạch bảo tồn và phát huy giá trị Quần thể di tích đã được phê duyệt.
Đối với một số di tích khác trên đảo Thắng Lợi như: Chùa Lấm, chùa Trong (Thương Cảng Tự), chùa Vụng, chùa Chuồng Bò (Thắng Lợi Tự), chùa Cát... qua kiểm kê của chính quyền địa phương đều không thuộc nhiệm vụ chi đầu tư công của ngân sách cấp tỉnh và cấp huyện.