Báo cáo nhấn mạnh, việc xả thải ra môi trường nếu không có sự quản lý, giám sát sẽ có những tác động không tốt tới môi trường. Vì vậy, ngày 3.4.2017, UBND tỉnh Quảng Ngãi đã ban hành Công văn số 1810/UBND – CNXD gửi Bộ TNMT xem xét, có ý kiến về 2 vấn đề sau:
Việc xả nước thải ra vịnh Việt Thanh cách bờ biển từ 500 – 1.500m, chủ dự án sẽ lắp đặt ống xả thải ngầm dưới mặt nước, liệu vấn đề này có đúng với các quy định hiện hành của pháp luật Việt Nam hay không?
Vấn đề mà nhân dân địa phương hết sức quan tâm là việc kiểm soát chất lượng nước thải xử lý của dự án trước khi thải ra môi trường. Do đó, tại Thông báo số 40/TB - UBND tỉnh Quảng Ngãi ngày 3.3.2011, Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi đã đặt vấn đề này với chủ đầu tư dự án: “Để có cơ sở đối chứng, trong quá trình thiết kế, xây dựng nhà máy, đề nghị chủ đầu tư xây dựng 1 hồ nuôi cá bằng nước thải của nhà máy trước khi thải ra biển nhằm kiểm nghiệm tiêu chuẩn của nước thải khi thải ra môi trường”.
Tuy nhiên, trong Báo cáo đánh giá tác động Dự án đã được Bộ TNMT phê duyệt không đề cập đến vấn đề này. Vì vậy, đề nghị Bộ TNMT xem xét, yêu cầu chủ dự án xây dựng hồ chỉ thị sinh học (hồ nuôi cá) để kiểm chứng nước thải sau khi xử lý trước khi thải ra biển hoặc có ý kiến chính thức về vấn đề này.
Cho đến nay, Bộ TNMT vẫn chưa có ý kiến trả lời cho UBND tỉnh về vấn đề này.
