Đối với những hạng mục, dự án đã chi trả xong việc bồi thường, hỗ trợ và tái định cư; đã phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư hoặc đang thực hiện chi trả bồi thường, hỗ trợ và tái định cư theo phương án đã được duyệt trước ngày Quyết định này có hiệu lực thi hành thì không áp dụng hoặc không điều chỉnh đơn giá theo Quyết định này.
Đối với những hạng mục, dự án chưa phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ và tái đinh cư tại thời điểm Quyết định này có hiệu lực thi hành thì xác định giá trị bồi thường, hỗ trợ theo đơn giá tại Quyết định này.
Việc áp dụng đơn giá có thuế giá trị gia tăng (GTGT) và không có thuế GTGT tại quyết định này được tổ chức thực hiện như sau: Đơn giá làm cơ sở xác định giá trị bồi thường, hỗ trợ cho các hộ gia đình, cá nhân là đơn giá đã bao gồm thuế GTGT (theo quy định tại khoản 1, Điều 5, Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính); còn đơn giá làm cơ sở xác định giá trị bồi thường, hỗ trợ cho các doanh nghiệp, tổ chức (căn cứ trên cơ sở hồ sơ xác nhận của Chi cục thuế cấp huyện). Đối với trường hợp tài sản đã kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, sẽ áp dụng đơn giá chưa bao gồm thuế GTGT; đối với trường hợp tài sản không kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, sẽ áp dụng đơn giá đã bao gồm thuế GTGT.
Trong quá trình tổ chức thực hiện xây dựng phương án bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng, các quận, huyện gửi văn bản đề nghị cơ quan thuế cấp huyện quản lý các tổ chức, doanh nghiệp và hộ kinh doanh phối hợp cung cấp thông tin về việc kê khai khấu trừ thuế GTGT của tài sản hoặc hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ việc hình thành tài sản của các đối tượng này để áp dụng đơn giá làm cơ sở xác định giá trị bồi thường, hỗ trợ đúng quy định.
