Theo đó, Bộ GTVT cho rằng, Hà Nội đang bị quá tải về hạ tầng đô thị và chỉ tiêu quy hoạch đất dành cho giao thông chỉ khoảng 25%. Trong khi đó, đồ án chưa nêu được nhu cầu giao thông của người dân tăng/giảm so với trước đây và so với các chỉ tiêu yêu cầu như mật độ đất dành cho giao thông; mật độ đường giao thông/1.000 dân; mật độ đường giao thông/1km2… chưa tính toán kỹ lượng khách ra/vào khu vực đầu mối giao thông các khu vực thương mại trong phạm vi quy hoạch nhất là khi hình thành các trung tâm thương mại tập trung tại khu vực này. Đồ án cũng được nhận định chưa tận dụng, khai thác triệt để không gian ngầm khu vực ga Hà Nội.
Do đó, Bộ GTVT cho rằng, TP.Hà Nội cần rà soát kỹ khả năng đáp ứng nhu cầu vận tải khi dân số quy hoạch tại đồ án này là 220% so với nhiệm vụ được duyệt, và 120% so với hiện trạng.
Bộ GTVT cũng nhận định, với quy hoạch trên, mật độ giao thông ở đây sẽ tăng lên rất nhiều so với số dân cư thường trú dự báo, cũng như so với mật độ giao thông hiện nay. Vì vậy, Bộ đề nghị cần rà soát các số liệu điều tra khảo sát hiện trạng, phân tích tính toán kỹ về dự báo nhu cầu vận tải khu vực quy hoạch để đảm bảo tỷ lệ quỹ đất dành cho giao thông, cũng như năng lực đáp ứng của các loại hình vận tải so với nhu cầu hành khách tham gia giao thông và nghiên cứu bổ sung dự báo lưu lượng hành khách của tuyến đường sắt tốc độ cao phân bổ cho khu vực quy hoạch.
Bộ cho rằng, đề nghị bổ sung các chỉ tiêu dự báo nhu cầu vận tải, rà soát các giải pháp để giảm ùn tắc giao thông trong khu vực xây dựng quy hoạch, các bước triển khai thực hiện.
Không chỉ đề xuất tính toán lại nhiều thông số, Bộ GTVT còn nhận định một số nội dung của Đồ án chưa phù hợp với Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội và đề nghị UBND TP. Hà Nội nghiên cứu, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, có ý kiến chỉ đạo đảm bảo đồng bộ, thống nhất giữa các đồ án quy hoạch.
Liên quan tới đề xuất xây các công trình cao tầng tại khu vực ga, Bộ GTVT cho rằng, cần lưu ý về không gian giữa chiều rộng các tuyến đường với chiều cao các tòa nhà và không gian sử dụng đất, nhất là các công trình dọc tuyến đường Lê Duẩn, cửa ngõ của Thủ đô trong đó lưu ý đảm bảo hài hòa với cảnh quan kiến trúc của nhà ga Hà Nội hiện tại có kiến trúc cổ cũng như các công trình quy hoạch mới. Ngoài ra, theo Bộ GTVT, khu vực ga Hà Nội có cốt cao độ thấp, thường bị ngập úng, vì vậy cần lưu ý quy hoạch các công trình ngầm, công trình thoát nước để chống ngập.
